Caracterización genómica de aislados clínicos de Pseudomonas aeruginosa resistentes a carbapenémicos en Latinoamérica, enero 2000 - abril 2024

Abstract

Introducción: Las infecciones por Pseudomonas aeruginosa resistentes a carbapenémicos (PA-RC) representan una amenaza latente, debido a que inactivan los antibióticos de última línea terapéutica como los carbapenémicos. Entre los principales mecanismos de resistencia se encuentran las mutaciones en OprD y los genes de carbapenemasas (blaIMP, blaKPC, etc.), sin embargo, la caracterización y distribución de estas mutaciones y alelos en la región aún no está bien documentada. Objetivo: Caracterizar genómicamente aislados clínicos de P. aeruginosa resistentes a carbapenémicos de secuencias genómicas publicadas en Latinoamérica, entre 2000-2024. Metodología: Se ensamblaron los genomas a partir de archivos SRA sin procesar obtenidos de artículos científicos y se analizaron utilizando archivos fasta descargados de NCBI. Se identificaron serotipos, genes de resistencia antimicrobiana, mutaciones y los secuenciotipos más frecuentes. Resultados: Los mecanismos de resistencia más frecuentes fueron mediado por los genes de carbapenemasas blaVIM-2 y blaKPC-2, los cuales estaban asociados con los secuenciotipos ST111 (42.6%) y ST654 (39%), ambos predominantes en Colombia. En contraste, la mutación OprD-V359L estuvo presente en el 27% de los casos asociados al ST233 en Brasil. Conclusión: En Latinoamérica, aproximadamente el 70% de los casos de resistencia se atribuyen a genes de carbapenemasas, mientras que las mutaciones en OprD explican el porcentaje restante. Sin embargo, la determinación de estas mutaciones está limitada a laboratorios especializados.

Introduction: Carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa (PA-RC) infections pose a latent threat due to their ability to inactivate last-line therapeutic antibiotics, such as carbapenems. The primary mechanisms of resistance include mutations in OprD and carbapenemase genes (e.g., blaIMP, blaKPC), but the characterization and distribution of these mutations and alleles in Latin America remain poorly documented. Objective: To genetically characterize clinical isolates of carbapenem-resistant P. aeruginosa from published sequences in Latin America between 2000 and 2024. Methods: Genomes were assembled from raw SRA files obtained from scientific articles and analyzed using fasta files downloaded from NCBI. Serotypes, antimicrobial resistance genes, mutations, and the most frequent sequence types were identified. Results: The most common resistance mechanisms were mediated by carbapenemase genes blaVIM-2 and blaKPC-2, which were associated with sequence types ST111 (42.6%) and ST654 (39%), both predominant in Colombia. In contrast, the OprD-V359L mutation was found in 27% of cases associated with ST233 in Brazil. Conclusion: In Latin America, approximately 70% of resistance cases are attributed to carbapenemase genes, while mutations in OprD account for the remaining cases. However, the determination of these mutations is limited to specialized laboratories.