Publicación: Diversidad genética de Rickettsia asembonensis a escala global: un análisis descriptivo y filogenético
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Resumen
Introducción: La rickettsiosis es una enfermedad emergente a nivel global, causada por bacterias del género Rickettsia y transmitida por vectores. Rickettsia asembonensis (Rasem), descrita y parcialmente caracterizada en el 2013, ha sido detectada en vectores, animales y humanos; sin embargo, su patogenicidad aún es desconocida. Los análisis genéticos disponibles son escasos, y su diversidad a nivel global no ha sido caracterizada de manera exhaustiva. Objetivo: Describir la diversidad de Rasem mediante análisis filogenéticos y descriptivos usando información disponible de tres genes conservados(17-kDa, gltA, y rrs) y tres genes variables (ompA, ompB, y sca4). Materiales y métodos: Se realizó un análisis secundario de registros genéticos de Rasem disponibles en el Centro Nacional para la Biotecnología (Gen Bank NCBI). Se descargaron secuencias correspondientes a Rasem y secuencias con alta homología y se aplicaron métodos filogenéticos para evaluar diversidad. Adicionalmente, se analizaron metadatos asociados al tipo de gen, país de detección, huésped y año de recolección de las muestras. Resultados: El análisis de 477 registros genéticos evidenció que gltA destacó como el gen más frecuente entre los conservados y de manera global, mientras que ompB destacó entre los variables. Los genes variables mostraron menor nivel de diversidad nucleotídica, en comparación a los conservados. América fue la región con más registros, y Ctenocephalides felis el huésped predominante. El mayor número de reportes derivó demuestras recolectadas entre 2009 y 2020. Conclusiones: Nuestros resultados resaltan la predominante caracterización de genes conservados y una variada diversidad nucleotídica de Rasem a nivel global. Además, sugieren una heterogénea caracterización a nivel genético, geográfico, de huéspedes, y temporal.
Resumen
Introduction: Rickettsiosis is an emerging global disease caused by bacteria of the genus Rickettsia and transmitted by vectors. Rickettsia asembonensis (Rasem), described and partially characterized in 2013, has been detected in vectors, animals and humans; however, its pathogenicity is still unknown. Available genetic analyses are scarce, and its global diversity has not been comprehensively characterized. Objective: To describe the diversity of Rasem by phylogenetic and descriptive analyses using available informationon three conserved genes (17-kDa, gltA and rrs) and three variable genes (ompA, ompBand sca4). Materials and methods: A secondary analysis of genetic records available for Rasem at the National Center for Biotechnology (GenBank NCBI) was performed. Sequences corresponding to Rasem and highly homologous sequences were downloaded, and phylogenetic methods were applied to characterize its diversity. Additionally, metadata associated with the type of gene, country of detection, host and year of sample collection were analyzed. Results: Analysis of 477 genetic records showed that gltA was the most frequently reported gene among conserved genes and globally, while ompB was the most frequently reported among variable genes. Variable genes exhibited lower levels of nucleotide diversity compared to conserved genes. The Americas had the highest number of records, with Ctenocephalides felis as the predominant host. Most reports were derived from samples collected between 2009 and 2020. Conclusions: Our finding shigh light the predominant characterization of conserved genes and a varied global nucleotide diversity of Rasem. Additionally, they suggest a heterogeneous characterization at the genetic, geographic, host, and temporal level.