Caracterización del genoma completo de aislados de Campylobacter spp. obtenidos de aves de postura y carne en Lima, Perú

Abstract

Las infecciones por Campylobacter spp. son una causa común de enfermedades transmitidas por alimentos de origen aviar a nivel global, y constituyen una de las principales causas de gastroenteritis en Perú, especialmente en niños menores de cinco años. En Lima, la carne de pollo es la principal proteína de origen animal consumida, lo que representa un riesgo importante para la transmisión de estas bacterias. A pesar de la alta prevalencia de Campylobacter en productos avícolas, los datos sobre la epidemiología molecular de la bacteria en Perú siguen siendo limitados. Este estudio tuvo como objetivo caracterizar los genomas de 30 aislados de Campylobacter spp. provenientes de pollos de carne y gallinas de postura de la Región de Lima, Perú, utilizando secuenciamiento genómico de nueva generación (NGS). Los resultados mostraron que el 60% de los aislados fueron identificados como Campylobacter jejuni y el 40% como Campylobacter coli. Se identificaron perfiles de resistencia antibiótica significativos, con una alta prevalencia de genes relacionados con resistencia a fluoroquinolonas, aminoglucósidos y betalactámicos, siendo los aislados de C. jejuni los más resistentes. En cuanto a los genes de virulencia, la mayoría de los aislados presentaron factores importantes para la adhesión intestinal y motilidad, así como genes relacionados con la producción de la toxina de distensión citoletal (CDT). El análisis filogenético mostró que los aislados de C. jejuni de pollos de carne se agruparon en el complejo clonal CC-607, mientras que los aislados de C. coli se agruparon principalmente en los complejos CC-1150 y CC-828. Estos resultados permiten identificar potenciales cepas zoonóticas y perfiles de resistencia que podrían tener implicaciones para la salud pública. La caracterización genética de estos aislados es crucial para comprender mejor la transmisión de Campylobacter en la región, proporcionando una base para futuros estudios comparativos con aislados humanos.

Campylobacter spp. infections are a common cause of foodborne illnesses of avian origin globally and represent one of the leading causes of gastroenteritis in Peru, particularly in children under five years old. In Lima, chicken meat is the most consumed animal protein, which poses a significant risk for the transmission of these bacteria. Despite the high prevalence of Campylobacter in poultry products, molecular epidemiological data on the bacterium in Peru remain limited. This study aimed to characterize the genomes of 30 Campylobacter spp. isolates from broiler chickens and laying hens from the Lima region, Peru, using next-generation sequencing (NGS). The results showed that 60% of the isolates were identified as Campylobacter jejuni and 40% as Campylobacter coli. Significant antibiotic resistance profiles were identified, with a high prevalence of genes related to fluoroquinolone, aminoglycoside, and beta-lactam resistance, with C. jejuni isolates being the most resistant. Regarding virulence genes, most of the isolates harbored important factors for intestinal adhesion and motility, as well as genes associated with the production of cytolethal distending toxin (CDT). Phylogenetic analysis revealed that the C. jejuni isolates from broiler chickens clustered in the CC-607 clonal complex, while the C. coli isolates mainly clustered in the CC-1150 and CC-828 complexes. These results help identify potential zoonotic strains and resistance profiles that may have public health implications. The genetic characterization of these isolates is crucial for a better understanding of Campylobacter transmission in the region, providing a foundation for future comparative studies with human isolates.