Desarrollo y validación de Marcadores genéticos Microsatélites de Alpacas (Vicugna pacos) conservados en rumiantes domésticos

Abstract

El presente trabajo busca identificar nuevos marcadores genéticos microsatélites en alpaca (Vicugna pacos) en base a la conservación de secuencias de ADN en el genoma de la familia Bovidae, particularmente vacunos, ovinos y caprinos, y la familia Camelidae. Se seleccionaron 38 marcadores microsatélites reportados en bovidos en base a lo siguientes criterios: capacidad de amplificación multiespecie, contenido de información polimórfica (PIC), grado de heterocigosidad (HE), probabilidad de exclusión (PE), número de alelos (A) y número de meiosis informativas, siguiendo un algoritmo de selección. Estos marcadores fueron evaluados empleando muestras de ADN de alpaca de 6 localidades del Perú, y muestras de ADN control de bovino, ovino y caprino. De los 38 marcadores evaluados, doce de ellos (31.6%) presentaron amplificación cruzada. Solo el AGLA293 presentó amplificación especifica de un fragmento de 150 pares de bases, sin embargo el fragmento amplificado no presentaba una secuencia microsatelite. Mientras BM1818 presento una amplificación no especifica de un fragmento de 236 pares de bases que incluía una secuencia microsatélite dinucleotido (CA)10 obteniéndose una alta similaridad con una secuencia microsatelite reportada en caballo (Equus caballus) (e-value: 3.00E-33). Los resultados sugieren que la aproximación utilizada (amplificación cruzada) muestra una baja tasa de eficiencia (1/38; 2.63%) para la generación de nuevos marcadores microsatélites en la familia Camelidae.

This thesis research project aimed at developimg new microsatellite genetic markers in alpacas (Vicugna pacos) based on the genomic DNA sequence conservation between the Bovidae family, particularly cattle, sheep and goat specimens, and the Camelidae family. Thirty eight microsatellite markers reported for the Bovidae family were chosen using a selection algorithm that included characteristics such as multispecies amplification ability, polymorphic index capacity (PIC) score, level of heterocigocity (HE), the exclusion probability (PE), the number of alleles (A) and the number of informative meiosis. The selected markers were tested by PCR amplification using alpaca´s DNA samples obtained from 4 different Peruvian locations and DNA samples from sheep, goat and cattle individuals. Only 12 of the 38 markers tested (31.6%) showed cross-amplification. The AGLA293 marker generated a 150bp DNA fragment that did not include a microsatellite sequence in it. Another marker, the BM1818, also showed unspecific amplification of a 236bp product and sequencing results demonstrated it included a dinucleotide microsatellite sequence (CA)10 , which has a high degree of similarity with a microsatellite sequence already reported in horses (Equus caballus) (e-value: 3.00E-33). Our results suggest that cross-amplification of conserved genetic markers in Bovidae has a low efficiency (1/38; 2.63%) in generating new microsatellites markers in the Camelidae family.