Publicación: Perfil de resistencia antimicrobiana, caracterización molecular y diversidad genómica de Escherichia coli provenientes de infecciones al tracto urinario en pacientes de establecimientos de salud públicos y privados en el Perú.
Portada
PDF 
FLIP Citas bibliográficas
Gestores Bibliográficos
Indexadores
Código QR
Autores
Director
Autor corporativo
Recolector de datos
Otros/Desconocido
Director audiovisual
Editor
Tipo de Material
Fecha
Citación
Título de serie/ reporte/ volumen/ colección
Es Parte de
Resumen
Las infecciones del tracto urinario (ITU) constituyen la segunda causa de enfermedades infecciosas en entornos comunitarios y hospitalarios, siendo más frecuentes en mujeres que en hombres. Escherichia coli uropatógena (UPEC, por sus siglas en inglés) coloniza el tracto urogenital y es responsable del 70-90 % de las ITU comunitarias (ITUc) y del 50 % de las ITU hospitalarias (ITUh). Además, esta cepa está incluida en la lista de enterobacterias multidrogoresistentes (MDR) de prioridad crítica, debido a su resistencia a cefalosporinas y carbapenémicos, según la Organización Mundial de la Salud (OMS). Esto representa un grave problema de salud pública tanto para Perú como para el mundo. En el primer artículo se aborda la creciente preocupación por las enterobacterias multidrogoresistentes (MDR) y productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE) en pacientes ambulatorios con infecciones urinarias en tres establecimientos privados de Perú. Se realizó un análisis descriptivo en 2016, que incluyó 98 muestras de orina de pacientes de tres ciudades: Lima (costas), Juliaca (sierra) e Iquitos (selva). Se evaluó la resistencia a ocho antibióticos y la producción de betalactamasas mediante el método de Kirby-Bauer y un método confirmatorio de BLEE (CLSI). Los resultados revelaron 18 perfiles de resistencia, con un 18,4 % de aislamientos resistentes a al menos un antibiótico y un alarmante 54,0 % de aislamientos multirresistentes. La producción de BLEE se detectó en el 28,6 % de las cepas de la región de Puno, donde también se observó mayor resistencia en pacientes de 31 a 45 años, especialmente contra antibióticos como ceftazidima, ceftriaxona, gentamicina y trimetoprim-sulfametoxazol. En conclusión, se evidenció variabilidad en los perfiles de resistencia según las regiones, siendo Puno la más afectada, lo que subraya la necesidad de implementar estrategias de control y prevención en salud pública. El segundo artículo, realizado en 2018, abordó la resistencia antimicrobiana (RAM) en 70 aislamientos de Escherichia coli de pacientes con infecciones del tracto urinario en ocho hospitales públicos de provincias de Perú. La identificación y perfiles de resistencia se llevaron a cabo utilizando el sistema automatizado MicroScan® y una reacción en cadena de la polimerasa (PCR, por sus siglas en inglés) para detectar genes relacionados con la RAM. Se encontró que el 65,7 % de los aislamientos eran multidrogoresistentes (MDR) y el 55,7 % producían BLEE. Los niveles de resistencia fueron elevados para varios antibióticos, destacando ampicilina (77,1 %), ciprofloxacina (74,3 %) y trimetoprim/sulfametoxazol (62,9 %). El gen blaTEM fue el más prevalente (31,4 %), seguido por blaCTX-M (18,6 %) y blaSHV (2,9 %). Estos resultados evidencian una preocupante resistencia a antimicrobianos en E. coli en el contexto de las ITU en ciudades de provincias peruanas. En el tercer artículo se analizó la presencia de ITU en pacientes peruanos, centrándose en aislamientos de Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae productoras de BLEE en el departamento de Lima. Se realizó un análisis retrospectivo de 118 muestras de orina de pacientes atendidos en dos hospitales de Lima y uno del Callao, entre abril y agosto de 2019. Los resultados mostraron que el 100 % de las bacterias aisladas eran MDR (105 de E. coli y 13 de K. pneumoniae), con una prevalencia notable de genes BLEE en el 32,2 % de los aislamientos (28,57 % en E. coli y 61,53 % en K. pneumoniae). El gen BLEE más común fue blaTEM, presente en el 45,76 % de las muestras. Además, se observó la coexistencia de genes BLEE en casi un tercio de todos los aislamientos, evidenciando que la resistencia a los antibióticos constituye una problemática real en los hospitales públicos de Lima y Callao. Finalmente, en el cuarto estudio se propuso caracterizar genéticamente aislados de UPEC en hospitales de Perú y compararlos con otros genomas de la región, recolectados entre 2018 y 2023. Se secuenciaron y ensamblaron 16 genomas de UPEC de Perú (2018-2019, publicados en los artículos 2 y 3) y se analizaron junto con los 127 genomas disponibles en la base de datos del NCBI. Se identificaron serotipos, secuenciotipos (STs), genes de resistencia y mutaciones relacionadas con la resistencia. El análisis filogenético permitió establecer relaciones entre los aislados y su agrupación en filogrupos. Los resultados mostraron que el clon ST131 fue el más prevalente (42,7 %), seguido por ST1193 (13,3 %). El filogrupo B2 predominó (83,2 %), con una alta frecuencia del serotipo O25:H4. Se encontraron genes de resistencia como blaTEM-1, blaCTX-M-15 y blaCTX-M-27, además de mutaciones en gyrA y parC, asociadas a la resistencia a fluoroquinolonas, especialmente en el clon ST131. Se destaca la alta frecuencia de clones de alto riesgo en Perú y Latinoamérica, junto con una considerable prevalencia de genes y mutaciones relacionadas con la resistencia a múltiples antimicrobianos. En conclusión, los cuatro artículos abordan de manera integral el alarmante problema de la RAM en enterobacterias, especialmente en UPEC, en el contexto de infecciones urinarias en establecimientos hospitalarios del Perú. A través de distintas metodologías microbiológicas, moleculares y genómicas, se evidencia una alta prevalencia de cepas MDR y productoras de BLEE, lo que representa un desafío importante para la salud pública. Las tasas de resistencia a antibióticos comunes son preocupantes y varían según la región y el entorno hospitalario. Además, se observa la predominancia de clones de alto riesgo (como ST131) y la coexistencia de diversos genes de resistencia. Estos hallazgos subrayan la urgencia de implementar estrategias efectivas de control y prevención, así como la necesidad de una vigilancia epidemiológica continua para enfrentar la creciente amenaza de la RAM en las infecciones urinarias en el país.
Resumen
Urinary tract infections (UTIs) are the second leading cause of infectious diseases in community and hospital settings, and are more common in women than men. Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) colonizes the urogenital tract and is responsible for 70–90% of community-acquired UTIs (cUTIs) and 50% of hospitalacquired UTIs (hUTIs). Furthermore, this strain is included on the World Health Organization (WHO) list of critical priority multidrug-resistant (MDR) Enterobacteriaceae due to its resistance to cephalosporins and carbapenems. This represents a serious public health problem for both Peru and the world. The first article addresses the growing concern regarding multidrug-resistant (MDR) and extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Enterobacteriaceae in outpatients with urinary tract infections (UTIs) in three private facilities in Peru. A descriptive analysis was conducted in 2016, including 98 urine samples from patients in three cities: Lima (coastal), Juliaca (highlands), and Iquitos (jungle). Resistance to eight antibiotics and beta-lactamase production were assessed using the Kirby-Bauer method and a confirmatory ESBL method (CLSI). The results revealed 18 resistance profiles, with 18.4% of isolates resistant to at least one antibiotic and an alarming 54.0% of isolates multidrug-resistant. ESBL production was detected in 28.6% of strains from the Puno region, where increased resistance was also observed in patients aged 31 to 45 years, especially against antibiotics such as ceftazidime, ceftriaxone, gentamicin, and trimethoprimsulfamethoxazole. In conclusion, variability in resistance profiles was evident across regions, with Puno being the most affected, underscoring the need to implement public health control and prevention strategies. The second article, published in 2018, addressed antimicrobial resistance (AMR) in 70 Escherichia coli isolates from patients with urinary tract infections in eight public hospitals in provincial Peru. Resistance identification and profiling were performed using the automated MicroScan® system and polymerase chain reaction (PCR) to detect AMR-related genes. A total of 65.7% of the isolates were found to be multidrug resistant (MDR), and 55.7% produced ESBLs. Resistance levels were high for several antibiotics, most notably ampicillin (77.1%), ciprofloxacin (74.3%), and trimethoprim/sulfamethoxazole (62.9%). The blaTEM gene was the most prevalent (31.4%), followed by blaCTX-M (18.6%), and blaSHV (2.9%). These results demonstrate a worrying antimicrobial resistance in E. coli in the context of UTIs in provincial cities in Peru. The third article analyzed the presence of UTIs in Peruvian patients, focusing on ESBL-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolates in the department of Lima. A retrospective analysis was performed on 118 urine samples from patients treated at two hospitals in Lima and one in Callao between April and August 2019. The results showed that 100% of the isolated bacteria were MDR (105 E. coli and 13 K. pneumoniae), with a notable prevalence of ESBL genes in 32.2% of the isolates (28.57% in E. coli and 61.53% in K. pneumoniae). The most common ESBL gene was blaTEM, present in 45.76% of the samples. Furthermore, the coexistence of ESBL genes was observed in almost a third of all isolates, demonstrating that antibiotic resistance is a real problem in public hospitals in Lima and Callao. Finally, the fourth study aimed to genetically characterize UPEC isolates from hospitals in Peru and compare them with other genomes in the region collected between 2018 and 2023. Sixteen UPEC genomes from Peru were sequenced and assembled (2018–2019, published in articles 2 and 3) and analyzed alongside the 127 genomes available in the NCBI database. Serotypes, sequence types (STs), resistance genes, and resistance-related mutations were identified. Phylogenetic analysis allowed establishing relationships between isolates and their grouping into phylogroups. The results showed that clone ST131 was the most prevalent (42.7%), followed by ST1193 (13.3%). Phylogroup B2 predominated (83.2%), with a high frequency of serotype O25:H4. Resistance genes such as blaTEM-1, blaCTX-M-15, and blaCTX-M-27, as well as mutations in gyrA and parC, were found to be associated with fluoroquinolone resistance, particularly in clone ST131. The high frequency of high-risk clones in Peru and Latin America is notable, along with a considerable prevalence of genes and mutations associated with multiantimicrobial resistance. In conclusion, the four articles comprehensively address the alarming problem of AMR in Enterobacteriaceae, especially in UPEC, in the context of urinary tract infections in hospital settings in Peru. Through various microbiological, molecular, and genomic methodologies, a high prevalence of MDR and ESBL-producing strains is evident, representing a significant challenge for public health. Resistance rates to common antibiotics are concerning and vary by region and hospital setting. Furthermore, the predominance of high-risk clones (such as ST131) and the coexistence of various resistance genes are observed. These findings underscore the urgency of implementing effective control and prevention strategies, as well as the need for continuous epidemiological surveillance to address the growing threat of AMR in urinary tract infections in the country.