Avance en la integración de espectometría de masas y secuenciación nanopore para la identificación proteómica-genómica de mosquitos selváticos en Iquitos, Perú

Abstract

La cuenca amazónica peruana es un hotspot de diversidad de mosquitos y de arbovirus emergentes. Herramientas clásicas de taxonomía morfológica son limitadas cuando coexisten especies crípticas. Integrar espectrometría de masas y secuenciación de nueva generación puede acelerar la vigilancia vectorial. Desde noviembre del 2024, se han recolectado 8002 mosquitos hembras en cuatro tipos de hábitat contrastantes: bosque primario, bosque secundario, área deforestada y área urbana alrededor de Iquitos, se continuará recolectando hasta completar un año. Tras la identificación morfológica con el manual de referencia taxonómica, se separaron patas y cuerpos. Las proteínas de las patas (n=106) se extrajeron mediante la adaptación de protocolos de Bruker e in-house, presentando espectros detectables, con un score promedio de 1.315, la librería de espectros generó un árbol proteómico con 6 clados. Los cuerpos se sometieron a un protocolo de extracción de ADN in-house con fenol cloroformo, se obtuvo cantidades entre 200 y 1200 nanogramos y longitud de fragmentos entre 800 y 27000 pares de bases. El ADN (n=9) se secuenció en una PromethION empleando el kit Native Ligation; se lograron entre 4 y 11 Gigabases por muestra. BLAST asignó una cobertura de 100% e identidad entre 93.8 y 100. La filogenia mitogenómica recuperó 5 clados proteómicos, incluyendo Psorophora, Coquillettidia, Culex, Ochlerotatus y Limatus. Estos resultados confirman la utilidad de la espectrometría de masas como cribado rápido respaldado por secuenciación Nanopore. El repertorio dual de espectros y mitogenomas generado aquí proporcionará: (i) detección de linajes crípticos relevantes para la transmisión de patógenos, y (ii) una base de datos regional abierta para programas de control vectorial. Se ampliará la cantidad de muestras procesadas, se estandarizará un protocolo de extracción de ARN viral y su secuenciación para detectar virus de relevancia en las mismas poblaciones de mosquitos.