Introducción: Los monogéneos son un grupo de gran de importancia a nivel sanitario en acuicultura, muchos de estos de difícil control, lo cual conlleva a pérdidas económicas importantes en el sector acuícola. En los últimos años se han reportado diversas especies de monogéneos afectando peces amazónicos, sin embargo, aún son escasos los trabajos realizados enfocados en la identificación, descripción y estudio de estos, lo cual representa un obstáculo en el desarrollo de la piscicultura en esta región. Objetivo: Identificar taxonómicamente los géneros y especies de monogéneos parásitos presentes en branquias de peces pertenecientes a los Ordenes Characiformes, Siluriformes y Perciformes de la Amazonía Peruana. Metodología: Para el muestreo se utilizaron 10 especies de peces amazónicos pertenecientes a los Ordenes Characiformes, Siluriformes y Perciformes, se utilizaron muestras branquiales ya colectadas proporcionadas por el laboratorio de Parasitología y Sanidad acuícola(IIAP), y también se realizó el muestreo in situ. Finalmente se procedió al montaje e identificación para la posterior obtención de imágenes y diseño de los monogéneos encontrados. Resultados: Del total de especies de monogéneos identificadas el 60,9%, pertenecía a especies del género Anacanthorus .En Characiformes se identificaron los géneros Anacanthorus, Mymarothecium, Notozothecium, Tereancistrum, Urocleidoides, y 3 géneros nuevos. En Siluriformes, Ameloblastella, Demidospermus y Vanclaveus, por último, en Perciformes Gussevia y Sciadicleithrum. Conclusiones y recomendaciones: Entre las especies de monogéneos se identificaron 13 géneros y 23 especies. La alta diversidad de especies de monogenoidea constituyen un desafío para la sanidad acuícola en la amazonia, siendo la base para el desarrollo de estudios que permitan conocer los mecanismos para la prevención y control contribuyendo así con el desarrollo sostenible de la acuicultura en la Amazonía peruana.