La malaria es una enfermedad parasitaria transmitida por mosquitos y que ha afectado al hombre durante miles de años, sobre todo al que habita en las zonas tropicales y subtropicales. Es causada por un parásito del género Plasmodium, y constituye una de las principales causas de muerte en todo el mundo, amenazando a casi un tercio de la población. La malaria causada por Plamodium vivax es la más frecuente en países de América del Sur, donde representó alrededor del 80% de los casos en el año 2007. Esta enfermedad, en el Perú genera un importante impacto negativo en la salud y en el desarrollo económico de las comunidades más pobres del país. Una gran proporción de casos de malaria (88.5% en el 2009) se debieron a P. vivax y se presentan en el departamento Amazónico de Loreto. Para entender mejor la dinámica de transmisión poblacional de P. vivax presente en la Amazonía Peruana, en el presente estudio se determinó la diversidad genética y estructura poblacional de P. vivax provenientes de esta región. Dos cientos noventa y siete muestras de sangre seca en papel filtro, provenientes de 65 participantes infectados con Plasmodium vivax, provenientes de la comunidad de San Juan, Distrito de San Juan, Iquitos (colectadas desde Abril 2008 hasta Febrero 2011), fueron genotipificadas mediante el uso de 15 microsatélites. Se determinó la diversidad genética mediante el cálculo del índice de Heterocigosidad esperada (He), así mismo el grado de polimorfismo de los microsatélites usados. La estructura poblacional se determinó identificando los haplotipos circulantes, determinando la presencia de desequilibrio de ligamiento mediante un análisis bayesiano de inferencia de poblaciones. Se observó una alta diversidad genética (He=0.72), se identificaron de 2 a 12 alelos por locus. A pesar de la alta diversidad genética en esta población, también existió un alto desequilibrio de ligamiento, concluyendo que la endogamia es el evento reproductivo que prevalece en esta población. Además el análisis de estructura poblacional reveló 2 subpoblaciones que no se relacionan con las variables de temporada baja y alta, ni con las edades de los participantes.