Objetivos: Evaluar la eficacia de los probióticos orales en la morbilidad por infección respiratoria aguda en niños de 1 a 5 años de edad. Material y métodos: El estudio es de tipo observacional de cohortes, prospectivo, el tamaño muestral fue determinado utilizando la fórmula para comparación de proporciones, la recolección de la muestra se realizó en un periodo de 4 meses, conformándose una cohorte de 50 pacientes que recibieron el probiótico oral Bacillus clausii (Enterogermina ®) durante 10 días y una cohorte de 50 pacientes que no recibieron probiótico oral, se realizó un seguimiento clínico durante un año, con una periodicidad mensual en forma ambulatoria. Resultados: Ambos grupos tuvieron características similares en cuanto a edad y sexo, el porcentaje de pacientes que tuvieron 6 o más episodios de infección respiratoria por año fue menor en la cohorte que recibió probióticos (32% vs 38%), sin embargo no hubo diferencia estadística significativa (p> 0.05). El porcentaje de pacientes en quienes la duración de los síntomas respiratorios fue de 7 días o más fue menor en la cohorte que recibió probióticos (26% vs 30%), sin embargo no hubo diferencia estadística significativa (p> 0.05). En relación a las complicaciones la otitis media aguda fue la más frecuente en el grupo que recibió probióticos orales (8% vs 6%), pero no hubo diferencia estadística significativa (p> 0.05). Conclusiones: El uso de probióticos orales de tipo Bacillus clausii no disminuyó significativamente la frecuencia, duración de síntomas y complicaciones de la infección respiratoria aguda.