Universidad Peruana Cayetano Heredia

Statistical analysis of 484 Mycobacterium tuberculosis genomes reveals an association between single nucleotide polymorphisms on ponA1 gene and LAM and Haarlem lineages

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dc.contributor.author Rabanal, Jhonatan
dc.contributor.author Zimic-Peralta, Mirko Juan
dc.date.accessioned 2022-09-09T18:52:23Z
dc.date.available 2022-09-09T18:52:23Z
dc.date.issued 2022
dc.identifier.uri https://hdl.handle.net/20.500.12866/12168
dc.description.abstract Objectives: Evaluate the association between rifampicin resistance and the presence of at least one SNP in the rpoB and ponA1 genes and the spoligotype defined lineages. Material and Methods: This study analyzed two databases of 484 genomes of M. tuberculosis from strains isolated from patients in the cities of Lima and Callao, for which the odds ratio (OR) was calculated considering belonging to a certain spoligotype defined lineages as an exposure factor. Results: No statistically significant association (ρ value> 0.05) was found between the presence of at least one SNP in the rpoB gene and the lineages included in the study (LAM, Haarlem, T and Beijing). However, a statistically significant association was found between the presence of at least one SNP in the ponA1 gene and the LAM and Haarlem lineages (ρ value <0.05). An association was found between the P631S SNP in the ponA1 gene and the LAM and Haarlem lineages; and the A516T SNP, of this same gene, presented an association with the LAM lineage. Likewise, an association was found between rifampicin resistance and the LAM lineage. Conclusions: The presence of SNPs in the ponA1 gene is associated with the LAM and Haarlem lineages. en_US
dc.description.abstract Objetivos: Evaluar la asociación entre la resistencia a rifampicina y la presencia de al menos un SNP en los genes rpoB y ponA1 y los linajes definidos por espoli-gotipos. Material y Métodos: Este estudio analizó dos bases de datos de 484 genomas de M. tuberculosis de cepas aisladas de pacientes de las ciudades de Lima y Callao, para lo cual se calculó el odds ratio (OR) considerando la pertenencia a determinado linaje definido por espoligotipos como un factor de exposición. Resultados: No se encontró una asociación estadísticamente significativa (valor de ρ >0.05) entre la presencia de al menos un SNP en el gen rpoB y los linajes incluidos en el estudio (LAM, Haarlem, T y Beijing). No obstante, se halló una asociación estadísticamente significativa entre la presencia de al menos un SNP en el gen ponA1 y los linajes LAM y Haarlem (valor de ρ <0.05). Se encontró una asociación entre el SNP P631S del gen ponA1 y los linajes LAM y Haarlem; y el SNP A516T, de este mismo gen, presentó una asociación con el linaje LAM. Asimismo, se halló una asociación entre la resistencia a rifampicina y el linaje LAM. Conclusiones: La presencia de SNPs en el gen ponA1 está asociada con los linajes LAM y Haarlem. es_PE
dc.language.iso eng
dc.publisher Asociación Colombiana de Infectología
dc.relation.ispartofseries Infectio
dc.rights info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.es
dc.subject Spoligotypes en_US
dc.subject Mycobacterium tuberculosis en_US
dc.subject rpoB gene en_US
dc.subject ponA1 gene en_US
dc.subject rifampicin resistance en_US
dc.subject Espoligotipos es_PE
dc.subject Mycobacterium tuberculosis es_PE
dc.subject gen rpoB es_PE
dc.subject gen ponA1 es_PE
dc.subject resistencia a rifampicina es_PE
dc.title Statistical analysis of 484 Mycobacterium tuberculosis genomes reveals an association between single nucleotide polymorphisms on ponA1 gene and LAM and Haarlem lineages en_US
dc.type info:eu-repo/semantics/article
dc.identifier.doi https://doi.org/10.22354/in.v26i2.1017
dc.relation.issn 2422-3794


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