Introducción: Hermetia illucens es una mosca tropical capaz de alimentarse de una amplia variedad de desechos. Durante su alimentación, la mosca está expuesta a bacterias causantes de enfermedad en el humano, pero que no influyen el ciclo de vida del insecto. El objetivo del estudio fue aislar hongos del tracto digestivo de H. illucens, probar su actividad antimicrobiana e identificar sus metabolitos liberados en cultivo. Metodología: Se emplearon larvas de 11 días de edad criadas en cautiverio. Los tractos digestivos extraídos se homogenizaron con solución salina 0.9% y se cultivaron en placas de agar. Los hongos aislados fueron sometidos a pruebas de actividad antimicrobiana sobre Staphylococcus aureus resistente a meticilina y Salmonella Typhimurium empleando el método de cocultivo. El hongo activo se identificó mediante secuenciamiento de ADN. Se prepararon cultivos en caldo del hongo que se extrajeron con acetato de etilo obteniéndose un extracto. Este fue fraccionado mediante técnicas cromatográficas para aislar los compuestos. Los compuestos obtenidos se identificaron utilizando técnicas espectroscópicas, además se determinó el IC50 y MIC del compuesto activo. Resultados: A partir del cultivo microbiológico del tracto digestivo de H. illucens se aislaron 25 cepas de hongos. Un hongo filamentoso presentó actividad sobre la cepa de S. aureus, el cual fue identificado como Chrysosporium multifidum (anamorfo). El análisis cromatográfico del extracto obtenido del caldo de cultivo resultó en el aislamiento de 7 compuestos. Entre ellos el compuesto 6-[(7S,8R)-8-propyloxiran-1-yl]-4-methoxy-pyran-2-one exhibió los mejores valores de IC50 (11.4 ± 0.7 μg/ml) y MIC (62.5 μg/ml). Conclusiones: Se logró aislar un compuesto con actividad antimicrobiana a partir un hongo presente en el tracto digestivo de H. illucens. Este resultado nos ayuda a comprender el proceso de control de patógenos de la larva, resaltando su posible uso como fuente de compuestos antibióticos para humanos.