Introducción Streptococcus pneumoniae (neumococo) es una de las principales causas de morbilidad y mortalidad en niños menores de 5 años. La introducción de las vacunas conjugadas ha producido disminución de la enfermedad neumocócica y reducción de serotipos vacunales en los portadores nasofaríngeos; sin embargo, existe un reemplazo por los serotipos no vacunales. En la actualidad no se conoce si han ocurrido cambios en la frecuencia, distribución de serotipos y patrón de resistencia antibiótica de neumococo en niños portadores inmunizados con la vacuna PCV 13 en nuestro país. Metodología El presente proyecto es un estudio observacional de corte transversal, multicéntrico. La población consiste en 1000 niños sanos de 2 meses (60 días) a 2 años de edad, atendidos en cinco hospitales de la ciudad de Lima. Las muestras fueron tomadas por hisopado nasofaríngeo. Se determinó el aislamiento de S. pneumoniae y la sensibilidad antibiótica. Se construyó una base de datos con la información clínica y de laboratorio. Se analizó la asociación de resistencia antibiótica con factores conocidos. Se determinó la significancia de las diferencias o asociaciones usando la prueba de Chi-cuadrado y t-student para variables continuas. Resultados Hasta el momento se han evaluado 975 muestras de hisopado nasofaríngeo, de las cuales 201 muestras (20.62%) fueron positivas para neumococo. 18% de los niños no recibió vacunación. Se observó una resistencia antibiótica por disco de 46% a azitromicina, 29% a clindamicina, 74% a sulfa- trimetoprim, 38% a tetraciclina y 0% a rifampicina. Se observó una asociación positiva (p<0.0001) entre la presencia de síntomas respiratorios y la presencia de neumococo. Conclusiones La prevalencia de portadores de neumococo en la población entre los 2 meses y 2 años se mantiene alta en el Perú. Asimismo, se observó una alta resistencia antibiótica.