La fibra de alpaca (Vicugna pacos) es un recurso socioeconómico fundamental para las poblaciones que habitan las regiones altoandinas del Perú. Por ello es importante la implementación de actividades y programas de mejoramiento genético con marcadores genéticos de ADN y genes relacionados a la formación de la fibra y a las diversas características de importancia económica. El presente trabajo tiene como objetivo la identificación y caracterización de marcadores genéticos de polimorfismos de nucleótido únicos (SNPs) en las secuencias de cinco genes de la familia de proteínas asociadas a queratina; KTRAP1-2, KRTAP6-1, KRTAP9-2, KRTAP11-1 y KRTAP13-1 en alpaca y la evaluación de la asociación entre el gen KRTAP11-1 y el diámetro de la fibra. Se identificaron 27 marcadores genéticos SNPs en los 5 genes estudiados, los cuales fueron caracterizados en muestras de alpacas provenientes de las regiones de Puno, Cusco, Huancavelica, Apurimac, Arequipa y Junin (n = 96). Todos los marcadores presentan frecuencias alélicas mayores al 5% en el alelo menor y valores de heterocigosidad intermedios a altos (Ho = 0.2 – 0.48). No se encontró una asociación significativa del gen KRTAP11-1 y el diámetro de fibra (p = 0.8 y p = 0.723) en una muestra de 152 alpacas huacaya blancas de la región de Puno.