Introducción: La preocupación por mejorar los procedimientos de evaluación del currículo que imparten las carreras de salud, ha llevado a las universidades a renovar el interés de analizar la percepción del clima educativo en estudiantes de pregrado a fin de reconocer las características y condiciones de un ambiente óptimo para su formación personal y profesional. El cual, está influenciado por factores como: el sistema de enseñanza- aprendizaje, la metodología de evaluación, los docentes, los ambientes físicos, los aspectos emocionales y sociales, entre otros. El objetivo de este estudio fue establecer las diferencias en la percepción del clima educativo en estudiantes de Estomatología de dos universidades privadas de Lima Metropolitana. Además, los objetivos específicos fueron describir y comparar las dimensiones percepción de la enseñanza, docentes, ambiente de aprendizaje, autopercepción académica y social. Metodología: fue un estudio descriptivo-comparativo. Se aplicó el cuestionario Dundee Ready Education Environment Measure (DREEM) versión en español, dirigida a 318 estudiantes de ambos sexos, entre las edades de 18-47 años y que cursaron del segundo al quinto año de estudios. Se realizó un análisis estadístico de los datos a un nivel de confianza de 95%. Resultados: mostraron que no hay diferencias significativas entre los estudiantes de ambas universidades (p≥0.05) mediante la prueba de U de Mann Whitney. La puntuación promedio general del cuestionario fue de 129.11±21.82 lo que se interpreta que el clima educacional tuvo más aspectos positivos que negativos. Al comparar las dimensiones en ambas universidades no evidenciaron diferencias significativas (p≥0.05). Excepto en la dimensión percepción del ambiente de aprendizaje donde sí se evidenció diferencias significativas (p≤0.05). Conclusiones: la percepción del clima educativo repercute positivamente en la formación académica y personal de los estudiantes. No obstante, hay aspectos que necesitan fortalecer en didáctica, sistemas de evaluación y tutoría en las dos universidades.