En el Perú, una de las principales actividades realizadas en el sector acuícola es el cultivo y extracción de moluscos bivalvos, que a lo largo de la última década se ha visto seriamente afectada por la contaminación de ríos y mares. Actualmente, el Perú tiene restringido la exportación de ciertos moluscos bivalvos por parte de la Unión Europea, como Donax spp “palabritas”, Ensis macha “navaja” y Transenella pañosa “almeja”, atribuidos a los brotes del virus de Hepatitis A en España en el año 2008. Por tal motivo, el presente estudio tuvo por objetivo detectar la presencia de Hepatitis A y Norovirus GI y GII en agua de mar y Donax spp. “palabritas” en las bahías de Mórrope y Sechura, donde se concentra gran parte de la producción de moluscos bivalvos del país. Para el estudio se tomaron 139 muestras de agua de mar y 6 muestras de palabritas entre los meses de febrero 2016 a febrero 2017 y se analizaron mediante la técnica de RT-PCR en tiempo real, donde se obtuvo 3 muestras positivas a Hepatitis A y 9 muestras positivas a Norovirus GII. Los resultados obtenidos demuestran la necesidad de llevar un plan de vigilancia más exhaustivo para el control de la seguridad sanitaria e inocuidad de los productos moluscos bivalvos destinados directamente al comercio o a su procesamiento para el consumo humano.