Antecedentes: la enfermedad diarreica aguda en niños menores de cinco años es frecuentemente causada por virus patógenos, seguido por bacterias y parásitos. El laboratorio no suele realizar la búsqueda de agentes virales en las muestras diarreicas, por lo que el uso de pruebas inmunocromatográficas podría favorecer el rápido diagnóstico y proporcionar evidencia que guie el manejo. Objetivo: determinar la prevalencia de virus usando pruebas inmunocromatográficas en muestras diarreicas de niños menores de cinco años atendidos en el Instituto Nacional de Salud del Niño entre noviembre del 2019 y marzo del 2020. Métodos: estudio descriptivo, analítico transversal. Se analizaron muestras diarreicas fecales de niños menores de cinco años provenientes del servicio de emergencia y consulta externa (n=192). Se utilizaron pruebas inmunocromatográficas para rotavirus y adenovirus sujetos a verificación antes de ser usadas. Se exploraron asociaciones entre características de los niños y resultados microbiológicos mediante análisis bivariado. Resultados: la prevalencia de rotavirus y adenovirus fue de 10.4% (20/192) y 7.3% (14/192), respectivamente. Se evidenció asociación entre atención en el servicio de Emergencia y positividad a rotavirus (p=0.043). No se halló asociación entre sexo, edad, leucocitos fecales, detección de Campylobacter spp, aislamiento bacteriano y presencia de parásitos a la detección de virus. Conclusiones: la prevalencia de virus detectados en muestras de menores de cincos años es consistente con estudios anteriores. Es posible que el tamizaje rutinario de virus usando pruebas inmunocromatográficas, integrado en un algoritmo diagnóstico, favorezca el oportuno y adecuado diagnóstico de agentes causales de diarrea.Background: Viruses are the most common cause of acute diarrheal disease in children under five years old, followed by bacteria and parasites. Since it is uncommon to test diarrheal samples for viral agents in the laboratory, immunochromatographic tests serve as valuable tools in promptly identifying the etiological agent, enabling swift provision of evidence-based care. Objective: to estimate the prevalence of viruses using immunochromatographic tests in diarrheal samples collected from children under five at the National Institute of Child Health between November 2019 and March 2020. Methods: Descriptive, cross-sectional analytical study. Fecal samples from under-five-year-old patients at the emergency and outpatient services were examined. Immunochromatographic tests for rotavirus and adenovirus were utilized, with prior verification of their accuracy. Associations between children's demographics and microbiological results were explored using bivariate analysis. Results: the prevalence of rotavirus and adenovirus was 10.4% (20/192) and 7.3% (14/192), respectively. Notably, attending the emergency department was associated with a higher likelihood of rotavirus positivity (p=0.043). Factors such as gender, age, fecal leukocyte count, Campylobacter spp detection, bacterial isolation, and the presence of parasites did not exhibit significant associations with viral detection. Conclusions: viruses emerge as the primary causative agents of acute diarrheal disease in children under five years old, surpassing bacteria and parasites in frequency. Given the infrequent screening for viral agents in routine laboratory practice, immunochromatographic tests prove crucial in ensuring swift and accurate diagnosis, facilitating timely and targeted evidence-based healthcare interventions.