Transcripción procariótica – Estudios biofísicos de las ARN polimerasas de Escherichia coli y Mycobacterium tuberculosis

Guerra Giraldez, Daniel

dc.contributor.advisor	Gonzales Lozada, Wilfredo Antonio	es_ES
dc.contributor.author	Guerra Giraldez, Daniel	es_ES
dc.date.accessioned	2024-09-25T20:56:41Z
dc.date.available	2024-09-25T20:56:41Z
dc.date.issued	2020
dc.identifier.other	213984	es_ES
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/20.500.12866/16129
dc.description.abstract	El presente trabajo de suficiencia profesional expone demostraciones del cumplimiento del perfil de egreso de la carrera de biología de la UPCH por parte de Daniel Guerra Giraldez. Los aportes científicos cubren la estructura y paisaje energético del inicio de la transcripción, los efectos del ppGpp en la iniciación y la elongación, y la caracterización de la dinámica de la enzima ARN polimerasa de M. tuberculosis (MtbRNAP). Combinando el uso de pinzas ópticas, nucleótidos marcados, microscopía de fuerza atómica (AFM), y fluorescencia, se ha demostrado el rol preponderante del enrollamiento como determinante de la estabilidad del complejo de iniciación de la transcripción (RPo) en E. coli, donde resulta antagonista a la acción de ppGpp y catalizador de la tanto la apertura del ADN como del escape de promotor. Se discute las perspectivas de estudio sobre la interacción entre el superenrollamiento topológico del ADN y el enrollamiento en complejos de transcripción. Mediante la manipulación de enzimas ARN polimerasas individuales durante la elongación de la transcripción, se realiza la caracterización inicial de la actividad de MtbRNAP y del efecto del ppGpp sobre la enzima de E. coli. Además, para favorecer nuevos estudios en MtbRNAP, se fabricaron dos sistemas de expresión, uno basado en plásmidos con usaje de codones optimizado y otro basado en la integración de genes de M. tuberculosis en el cromosoma de E. coli. Este último produce menos estrés a la bacteria portadora y permitirá el uso de genes reporteros fluorescentes GFP y RFP para cuantificar las actividades de MtbRNAP. El cumplimiento de los aspectos del perfil del biólogo referidos al trabajo interdisciplinario, en equipo, en el marco de la ética y comprometido con el bienestar y el progreso de la sociedad, se respaldan con documentos anexos que sustentan el desempeño profesional del postulante.	es_ES
dc.description.abstract	The present document seeks to demonstrate the fulfillment of the biologist graduation profile of the UPCH by Daniel Guerra Giraldez. The scientific contributions described here cover the structure and energetic landscape of transcription initiation, the effects of ppGpp on transcription initiation and elongation processes, and the characterization of the M. tuberculosis RNA polymerase enzyme (MtbRNAP) dynamics. Combining the use of optical tweezers, labeled nucleotides, atomic force microscopy (AFM), and fluorescence, we identify DNA wrapping as a contributor to the stability of the transcription initiation complex (RPo) in E. coli, where it is antagonistic to the action of ppGpp and a catalyst for the opening of DNA. A possible interaction between the topological supercoiling of DNA and its wrapping around transcription complexes is discussed. The manipulation of single RNA polymerase enzymes during transcription elongation allowed the initial characterization of MtbRNAP activity and measuring the effect of ppGpp on the E. coli enzyme. Additionally, to favour new studies in MtbRNAP, two expression systems were manufactured, one based on plasmids with optimized codon usage and the other based on the integration of M. tuberculosis genes into the E. coli chromosome. The latter produces less stress to the carrier bacteria and will allow the use of fluorescent reporter genes GFP and RFP to rapidly quantify the activity of MtbRNAP in the presence of inhibitors. The attached documents support the professional performance of the applicant in compliance with the aspects of the biologist's profile referring to interdisciplinarity, teamwork, ethics, and commitment to the well-being and progress of society.	es_ES
dc.format	application/pdf	es_ES
dc.language.iso	spa	es_ES
dc.publisher	Universidad Peruana Cayetano Heredia	es_ES
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess	es_ES
dc.rights.uri	https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.es	es_ES
dc.subject	ARN Polimerasa	es_ES
dc.subject	RNAP	es_ES
dc.subject	Transcripción	es_ES
dc.subject	Escherichia coli	es_ES
dc.subject	Mycobacterium tuberculosis	es_ES
dc.title	Transcripción procariótica – Estudios biofísicos de las ARN polimerasas de Escherichia coli y Mycobacterium tuberculosis	es_ES
dc.type	info:eu-repo/semantics/bachelorThesis	es_ES
thesis.degree.name	Licenciado en Biología	es_ES
thesis.degree.grantor	Universidad Peruana Cayetano Heredia. Facultad de Ciencias e Ingeniería	es_ES
thesis.degree.discipline	Biología	es_ES
dc.publisher.country	PE	es_ES
dc.subject.ocde	http://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.01	es_ES
dc.subject.ocde	http://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.03	es_ES
renati.author.dni	10222064
renati.advisor.orcid	https://orcid.org/0000-0002-8885-5972	es_ES
renati.advisor.dni	07643805
renati.type	https://purl.org/pe-repo/renati/type#trabajoDeSuficienciaProfesional	es_ES
renati.level	https://purl.org/pe-repo/renati/level#tituloProfesional	es_ES
renati.discipline	511206	es_ES
renati.juror	Arevalo Zelada, Jorge Luis	es_ES
renati.juror	Loayza Muro, Raul Augusto	es_ES