Caracterización genómica de Escherichia coli uropatógena proveniente de aislados clínicos de Latinoamérica

Caballero Salazar, Francesca Nicole

dc.contributor.advisor	Tsukayama Cisneros, Pablo	es_ES
dc.contributor.advisor	Cuicapuza Arteaga, Diego Bernhard	es_ES
dc.contributor.author	Caballero Salazar, Francesca Nicole	es_ES
dc.date.accessioned	2025-03-26T16:11:54Z
dc.date.available	2025-03-26T16:11:54Z
dc.date.issued	2025
dc.identifier.other	214524	es_ES
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/20.500.12866/16908
dc.description.abstract	Introducción: Escherichia coli uropatógena (UPEC) es la principal causante de infecciones del tracto urinario (ITU) a nivel mundial, con clones de alto riesgo como ST131 y ST1193 que presentan resistencia a múltiples drogas (MDR). Estas infecciones son un problema de salud pública por su alta prevalencia y la habilidad de UPEC para evadir la respuesta inmune, adherirse a células urinarias y secretar toxinas. Sin embargo, en Latinoamérica se conoce poco sobre su diversidad genética, lo que dificulta la identificación de clones clínicamente relevantes. La secuenciación del genoma completo de aislados de UPEC en la región es clave para mejorar el manejo de estas infecciones. Objetivo: Caracterizar genéticamente aislados clínicos de UPEC en Latinoamérica a partir de genomas publicados entre el 2016 y 2024. Metodología: Se recolectaron 127 genomas de UPEC disponibles en la base de datos del NCBI, definidos por la presencia de tres a más de los genes de virulencia chuA, vat, fyuA, yfcV. Estos genomas fueron analizados mediante herramientas bioinformáticas para identificar serotipos, secuenciotipos, genes de resistencia antimicrobiana y mutaciones asociadas a la resistencia. Se llevó a cabo un análisis filogenético para determinar las relaciones entre los aislados y su agrupación en distintos grupos filogenéticos. En el proceso se desarrolló UPECfinder, una herramienta bioinformática que permite la identificación rápida y precisa de UPEC a partir de secuencias genómicas. Resultados: El clon ST131 fue el más frecuente (42.5%), seguido por ST1193 (9.9%). El filogrupo B2 fue predominante (82.7%), con una alta prevalencia del serotipo O25:H4. Se detectaron frecuentemente genes de resistencia blaTEM-1, blaCTX-M-15 y blaCTX-M-27, y mutaciones en gyrA y parC asociadas a resistencia a fluoroquinolonas, especialmente en el clon ST131. Además, todos los aislados pertenecientes al ST1193 presentaron doble mutación en el gen gyrA. Conclusión: Se resalta la alta frecuencia de clones de UPEC de alto riesgo, como ST131 y ST1193, en Latinoamérica, junto con una elevada prevalencia de genes y mutaciones asociados con MDR.	es_ES
dc.description.abstract	Introduction: Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) is the leading cause of urinary tract infections (UTIs) worldwide, with high-risk clones such as ST131 and ST1193 exhibiting multidrug resistance (MDR). These infections are a public health concern due to their high prevalence and UPEC's ability to evade the immune response, adhere to urinary cells, and secrete toxins. However, little is known about the genetic diversity of UPEC in Latin America, limiting the identification of clinically relevant clones. Whole-genome sequencing of UPEC isolates in the region is crucial for improving the management of these infections. Objective: To genetically characterize clinical isolates of uropathogenic Escherichia coli in Latin America based on genomes published between 2016 and 2024. Methodology: A total of 127 UPEC genomes available in the NCBI database were collected. UPEC was defined by the presence of three or more of the virulence genes chuA, vat, fyuA, and yfcV. These genomes were analyzed using bioinformatics tools to identify serotypes, sequence types (STs), antimicrobial resistance (AMR) genes, and resistance-associated mutations. Additionally, a phylogenetic analysis was performed to determine the relationships among the isolates and their grouping into different phylogenetic groups. UPECfinder was developed as a reproducible bioinformatics tool that enables the rapid and accurate identification of UPEC from genomic sequences. Results: The ST131 clone was the most frequent (42.5%), followed by ST1193 (9.9%). Phylogenetic group B2 was predominant (82.7%), with a high prevalence of serotype O25:H4. Resistance genes such as blaTEM-1, blaCTX-M-15, and blaCTX-M-27, as well as mutations in gyrA and parC associated with fluoroquinolone resistance, were frequently detected, particularly in the ST131 clone. Moreover, all isolates belonging to ST1193 exhibited double mutations in the gyrA gene. Conclusion: This study highlights the high frequency of high-risk UPEC clones, such as ST131 and ST1193, in Latin America, along with a high prevalence of genes and mutations associated with multidrug resistance.	es_ES
dc.format	application/pdf	es_ES
dc.language.iso	spa	es_ES
dc.publisher	Universidad Peruana Cayetano Heredia	es_ES
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess	es_ES
dc.rights.uri	https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.es	es_ES
dc.subject	Escherichia coli	es_ES
dc.subject	Uropatógeno	es_ES
dc.subject	Infección del Tracto Urinario	es_ES
dc.subject	Genoma	es_ES
dc.subject	Epidemiología	es_ES
dc.subject	Filogenética	es_ES
dc.subject	Genes de Resistencia	es_ES
dc.title	Caracterización genómica de Escherichia coli uropatógena proveniente de aislados clínicos de Latinoamérica	es_ES
dc.type	info:eu-repo/semantics/bachelorThesis	es_ES
thesis.degree.name	Licenciado en Biología	es_ES
thesis.degree.grantor	Universidad Peruana Cayetano Heredia. Facultad de Ciencias e Ingeniería	es_ES
thesis.degree.discipline	Biología	es_ES
dc.publisher.country	PE	es_ES
dc.subject.ocde	http://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.01	es_ES
dc.subject.ocde	http://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.07	es_ES
dc.subject.ocde	http://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.02.20	es_ES
dc.subject.ocde	http://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.03.09	es_ES
renati.author.dni	74390324
renati.advisor.orcid	https://orcid.org/0000-0002-1669-2553	es_ES
renati.advisor.orcid	https://orcid.org/0000-0002-5735-4614	es_ES
renati.advisor.dni	41729481
renati.advisor.dni	75272535
renati.type	https://purl.org/pe-repo/renati/type#tesis	es_ES
renati.level	https://purl.org/pe-repo/renati/level#tituloProfesional	es_ES
renati.discipline	511206	es_ES
renati.juror	Pajuelo Travezaño, Monica Jehnny	es_ES
renati.juror	Krapp Lopez, Fiorella del Carmen	es_ES
renati.juror	Tamariz Ortiz, Jesus Humberto	es_ES