El tomate es una hortaliza de importancia mundial, pero muy susceptible al estrés biótico y abiótico. Entre los patógenos del tomate, Phytophthora infestans, causante del tizón tardío, es el que produce la mayor cantidad de pérdidas económicas a nivel mundial. En la búsqueda de elementos de resistencia que puedan transferirse al tomate comercial, se vienen identificando especies silvestres de tomate resistentes al patógeno. La especie silvestre más investigada es Solanum pimpinellifolium, debido a su compatibilidad genética con el tomate comercial y a que comparte con éste varios atributos fenotípicos del fruto. A pesar de ser el Perú centro de origen de la especie, se han realizado pocos estudios a nivel poblacional. En este trabajo se caracterizó la respuesta de seis poblaciones de S. pimpinellifolium de las regiones Piura (Colán, Morante y Tambogrande) y Lima (Azpitia, Pantanos de Villa y UNALM) a la infección con dos aislamientos del patógeno P. infestans provenientes de Oxapampa e Ica por el ensayo “Detached-leaf”. Se estimó el área dañada por el patógeno y el nivel de esporulación en la hoja. Asimismo, se evaluó la presencia de genes de resistencia Ph-2 y Ph-3 mediante marcadores moleculares tipo CAPS previamente descritos. Por último, la reciente liberación del genoma de tomate (S. lycopersicum) y de S. pimpinellifolium permitió hacer una exploración de regiones pequeñas del genoma para identificar los genes de resistencia Ph-2 y Ph-3 por medios bioinformáticos. Los resultados no mostraron una diferencia significativa en la respuesta de las diferentes poblaciones a los aislamientos de P. infestans, si bien hubo una tendencia de la población Pantanos de Villa a mostrar una menor susceptibilidad. Sí se detectaron diferencias en la agresividad de los aislamientos, siendo el de Oxapampa más agresivo que el de Ica. Mediante el uso del marcador TG328 se confirmó la presencia del gen Ph-3 en todas las poblaciones de S. pinellifolium, pero el marcador dTG63, ligado al gen Ph-2, no permitió obtener un producto de amplificación, por lo que la presencia/ausencia de este gen no pudo determinarse. El secuenciamiento con cebadores alternativos de la región que se pretendía amplificar confirmó que los cebadores dTG63 no permitían obtener un producto de amplificación por la presencia de mutaciones y ausencia de algunas bases. Por último, en base a la secuencia del genoma de tomate comercial ordenada y anotada, se construyeron secuencias de 200 kb alrededor de la posición reportada de los marcadores moleculares dTG63 y TG328 del genoma de S. pimpinellifolium e identificaron genes ligados a éstos, la mayoría asociados a factores de regulación de la expresión de genes, aunque ninguno con estructura de gen de resistencia fuera de Ph-3. Es necesario enriquecer los datos de las poblaciones de S. pimpinellifolium y otras especies silvestres de tomate, así como de los aislamientos de P. infestans en el Perú. La caracterización molecular de S. pimpinellifolium con aproximaciones técnicas de reciente desarrollo permitirá generar nuevos marcadores moleculares que faciliten el mapeo e identificación de más genes de resistencia.