Introducción: Se considera que el caso secundario de Tuberculosis en el hogar es consecuencia del caso índice. Sin embargo, existe evidencia de contactos con cepas discordantes. Por lo descrito, nuestro estudio evaluó la discordancia entre cepas de TB del caso índice y caso secundario en el contexto del hogar y los factores asociados. Metodología: Se determinó la discordancia de cepas de TB entre 81 casos índices y 90 casos secundarios dentro del hogar mediante la técnica de “spoligotyping” y susceptibilidad a drogas anti TB. Se analizaron datos demográficos, socioeconómicos y de laboratorio ligados a las muestras. Se usó el modelo linear generalizado (GLM) ajustado por agrupamiento a nivel hogar. Resultados: El 38% (34/90) de las cepas de los casos secundarios fueron discordantes con respecto a la cepa del caso índice. La discordancia de cepas se asoció independientemente a una diferencia de menos de 6 meses entre el diagnóstico del caso índice y del caso secundario (RR [IC95%]: 2.62, [1.34-5.13], p=0.005) y baciloscopia negativa del caso índice (1.63[1.08-2.45], p=0.019) Conclusiones: Una proporción importante de las cepas aisladas de casos secundarios no están relacionadas a la cepa del caso índice, lo que sugiere que no corresponden a transmisión intradomiciliaria. Estos hallazgos nos brindan un diagnóstico inicial para una revisión de las políticas de salud relacionadas al abordaje preventivo de TB.