Antecedentes. A nivel mundial, las cifras de bacteriemias por MRSA van en aumento, observándose una mortalidad dos veces mayor que por MSSA. Objetivo. Evaluar la mortalidad por cualquier causa a los 30 días de la bacteriemia por S. aureus según su susceptibilidad a meticilina, así como a 7 y 84 días, características clínico-epidemiológicas, los factores asociados a infección por MRSA y el cumplimiento de pautas de manejo establecidas para bacteriemias. Materiales y métodos. Subestudio de base de datos secundaria de cohorte prospectiva, recolectada en 3 hospitales de Lima (2011 – 2014) por el Latin American Working Group on Antimicrobial Resistance. El análisis estadístico se realizó con SPSS 15.0. Resultados. Se identificaron 150 casos de bacteriemia por S. aureus, (54.7% MRSA; 45.3% MSSA). En el análisis multivariado se evidenció mayor riesgo de mortalidad en pacientes con infección por MRSA comparado a MSSA (RR: 2.76; IC 95%, 0.91 – 8.41), sin embargo, no fue estadísticamente significativo (P= 0.074). Se evidenció un pobre cumplimiento de las pautas de manejo, en especial el inadecuado tratamiento definitivo en pacientes con infección por MSSA. Cumplir > 50% de las pautas de tratamiento fue un factor protector contra mortalidad (RR: 0.77; IC 95%, 0.64 – 0.92). Conclusión. Se evidenció mayor riesgo de mortalidad en pacientes con bacteriemia por MRSA, sin embargo, no fue estadísticamente significativo. Cumplir con > 50% de las pautas de manejo resultó ser protector contra mortalidad. Se debe reforzar el cumplimiento de las pautas de tratamiento recomendadas y la optimización del tratamiento.