Plasmodium vivax es la principal causa de malaria en la Amazonía Peruana, y ante el incremento de la incidencia de casos, las herramientas genético poblacionales podrían ser componentes claves para el diseño y focalización de estrategias de control. Se genotipificaron 173 Infecciones causadas por P. vivax en 2 cuencas, Mazan (MZ) y Napo (NP). Se evaluó la diversidad genética, se identificó el número de grupos genéticos y las infecciones foráneas. MZ presentó 35.2% de infecciones policlonales, alta diversidad (He = 0.71), y menor desequilibrio de ligamiento (IAS = 0.07) con respecto a NP (18.8%, 0.39, 0.21). Se identificaron cinco grupos genéticos y 20 infecciones foráneas en MZ; en NP se observaron 2 grupos y se importaron 3 infecciones. En MZ, el grupo 2 se asoció con personas que salieron de su comunidad (OR = 4.33); y la parasitemia de la infección (OR = 1.10), infecciones causadas por el grupo 1 (OR = 4.83), y vivir con alguien que salió de la comunidad (OR = 4.48) aumentó el riesgo de síntomas. Esto sugiere que la movilización humana fomenta el ingreso de nuevos grupos genéticos en MZ, por lo que se requieren estrategias que consideren este factor para el control de Malaria.