La concha de abanico (Argopecten purpuratus) tiene una gran importancia productiva y económica en el Perú, siendo el segundo producto hidrobiológico más exportado al mercado europeo. El crecimiento productivo de esta especie viene dándose de manera continua, lo que provoca un incremento de la demanda de la semilla para los sistemas productivos intensivos. Lo cual presiona a los bancos naturales de concha de abanico, siendo un riesgo para la continuidad de la especie. Como alternativa sostenible, se tiene la producción de semilla en criaderos siendo esta la etapa más sensible que repercute en su supervivencia. Una de las causas de mortalidades en larvas se asocia a microorganismos patógenos como las bacterias del género Vibrio. Es importante identificar la microbiota asociada a la semilla de la especie. Para esto se realizó un estudio de la diversidad de especies del género Vibrio asociada a semilla de concha de abanico proveniente de medio natural y de criadero. Se obtuvieron un total de 33 aislados, 11 de ellos provenientes de criaderos y 22 del medio natural. Además, se obtuvieron 16 cepas aisladas de un evento de mortalidades larvarias masivas de concha de abanico. Se caracterizaron a los vibrios como pertenecientes a los clados Harveyi, Mediterranei y Splendidus. Con la secuenciación del gen 16S rRNA se evidenció que en la semilla de medio natural hubo 10 especies mientras que en la semilla de criadero sólo se encontraron 5 especies. En las mortalidades larvarias todas las cepas pertenecían al clado Harveyi. Usó el análisis de secuencias concatenado como una herramienta con mayor poder resolutivo para determinar la filogenia de las cepas aisladas. Las cepas aisladas confirman que las bacterias del género Vibrio están presentes en la microbiota de la semilla de la concha de abanico.