La infección producida por Salmonella enterica constituye una gran limitante en la producción de cuyes a diferentes escalas. La salmonelosis dada su elevada mortalidad, patogenicidad y virulencia, merma de manera significativa la productividad, generando pérdidas económicas importantes en los productores. El objetivo del presente estudio fue identificar los determinantes epidemiológicos de la salmonelosis en cuyes, provenientes de criaderos en tres regiones: Cajamarca (provincias de Cajabamba y San Marcos), Lima (provincia de Lima) y Moquegua (provincia de Mariscal Nieto) entre marzo a junio del 2014. Se colectaron muestras de la vesícula biliar, el bazo y pulmón de los cuyes sintomáticos e hisopados vaginales en caso de hembras con aborto reciente, en el caso de los animales asintomáticos se les realizó un hisopado rectal de forma aleatoria (n=536). Para el aislamiento de S. enterica se utilizaron medios de enriquecimiento específicos y pruebas de identificación bioquímicas de forma manual y automatizada (VITEK-2®); para el análisis de sensibilidad antimicrobiana se utilizó la Concentración Inhibitoria Mínima (CIM) en placa y para la identificación de los serovares se desarrolló una técnica de PCR con cinco cebadores específicos para la detección de Salmonella spp., Salmonella subespecie I, Salmonella enterica serovares Typhimurium, Typhi y Enteritidis.La frecuencia general para salmonelosis agrupando las 3 regiones: Cajamarca, Lima y Moquegua fue de 7.8% (42/536). La frecuencia de cuyes portadores asintomáticos de Salmonella fue de 7.1% en Cajamarca, 1.9% en Lima y 3.8% en Moquegua. La proporción de aislados resistentes a antibióticos de uso común en la terapia para salmonelosis fue inferior a 12% a enrofloxacina, 8% a tetraciclina y 3 % a sulfatrimetoprim. La resistencia a cloranfenicol (fármaco prohibido para animales de consumo humano) fue 0% y a ácido nalidíxico 76.2%. Todos los aislamientos (42/42) se identificaron como Salmonella enterica serotipo Typhimurium según la reacción en cadena de polimerasa (PCR) desarrollada en nuestro laboratorio. El presente estudio proporciona información epidemiológica importante sobre la salmonelosis en cuyes de tres regiones del país, reporta la sensibilidad antimicrobiana con CIMs por una metodología usada por primera vez en esta población animal, y ha estandarizado además una herramienta molecular para la identificación de serotipos de Salmonella enterica.