Los principales recursos pesqueros pelágicos de interés económico en el Perú son anchoveta (Engraulis ringens), jurel (Trachurus murphyi) y caballa (Scomber japonicus) [3]. Para su evaluación, se lleva a cabo cruceros de evaluación acústica en los que se integra información de ecoabundancia y proporción de tallas por especie para obtener valores de biomasa y abundancia. Sin embargo, para especies no objetivo (como jurel), dichos valores resultan poco confiables por la lejanía entre los puntos de muestreo biométrico y acústico. Para resolver este inconveniente, el presente trabajo propuso utilizar modelos empíricos (de tipo GAM y GLM) integrando variables ambientales y de seguimiento de desembarques con la finalidad de generar índices relativos y absolutos para anchoveta y jurel en el período de 1996-2013 dentro del área de las 200 mn frente a la costa peruana. Los resultados obtenidos realzaron la importancia de los lances de comprobación para la obtención de estimaciones robustas de biomasa. Así mismo, se observó que, para anchoveta, los modelos empíricos sí produjeron un buen índice relativo y absoluto, mejorando la utilización de la ecoabundancia por sí sola. Para jurel, sin embargo, el modelo final calibrado resultó en la obtención de un mejor índice relativo. Se recomienda además, la obtención de información de tallas y pesos medios de desembarques para jurel con la finalidad de mejorar las estimaciones de biomasa y abundancia.