Antecedentes: En el Perú, la esporotricosis es una enfermedad hiperendémica en la provincia de Abancay. La esporotricosis es causada por el Complejo Sporothrix schenckii, compuesto por cinco especies que pueden ser identificadas molecularmente con el uso marcadores moleculares y que no han sido reportadas en el Perú. Objetivo: Identificar mediante métodos moleculares el complejo Sporothrix schenckii en aislamientos clínicos procedentes del área hiperendémica de Abancay, así como también evaluar la diversidad genética y la relación con algunas características como edad, sexo, forma clínica. Material y Métodos: El estudio es retrospectivo. Se utilizaron aislamientos de Sporothrix schenckii recolectados en los últimos 10 años, proporcionadas por el Laboratorio de Micología del Instituto de Medicina Tropical Alexander Von Humboldt. Se seleccionaron aquellos aislamientos que posean datos como edad, sexo y forma clínica. La identificación molecular se realizó mediante el uso de tres marcadores; ITS, calmodulina y beta-tubulina. Las secuencias generadas se fueron comparadas con la base de datos mundial Gen Bank y el análisis de diversidad se realizó mediante el uso del programa CodonCode Aligner. Para identificar asociaciones entre variables cualitativas se utilizó el test exacto de Fisher; para la identificación de las asociaciones entre variables cualitativas y cuantitativas se utilizó la prueba de Kruskal-Wallis. Resultados: Se analizaron 26 aislamientos de Sporothrix schenckii, dentro de las cuales se obtuvieron 3 variantes genéticamente diferentes. No se encontró relación de las variantes con los datos clínicos del paciente (edad, sexo, forma clínica). Conclusiones: Los aislamientos de la zona de Abancay fueron caracterizados como Sporothrix schenckii sensu stricto, siendo el análisis de las secuencias de calmodulina la de mejor discriminación.