Las bajas temperaturas extremas son un serio problema para la producción de cultivos a nivel mundial. La papa, Solanum tuberosum, que se cultiva mayoritariamente para el consumo, es catalogada como una especie susceptible a heladas. Los genes expresados en la respuesta, ante bajas temperaturas, de la papa nativa resistente a heladas Solanum juzepczukii podrían ser aprovechados en programas de mejoramiento genético mediante el uso de herramientas biotecnológicas. Con el objetivo de identificar esos genes se construyeron dos genotecas de ADNc recíprocas con la metodología de la hibridación sustractiva por supresión (SSH) a partir de ARNm de hojas de plantas sometidas a tratamiento de temperaturas bajo cero comparándolos con los obtenidos de tratamiento a condiciones normales. Los ADNc de las genotecas fueron secuenciados con la tecnología 454 y aproximadamente el 80% de los contigs obtenidos de ambas genotecas presentaron algún término de ontología de gen (GO) asociado significativamente. A través de búsquedas de la información de su anotación, se encontraron genes asociados a respuestas de resistencia frente a algún estrés abiótico, entre ellos, los factores de transcripción de las familias WRKY, AP2/ERF y bHLH. La validación futura del rol de estos genes contribuiría a establecer candidatos para ser usados en programas de mejoramiento genético de la papa.