Objetivo. Se aplicó el Mini-CEX, que es un método de evaluación de habilidades clínicas, en un programa de residentado médico, para evaluar sus resultados en el tiempo y determinar su validez y confiabilidad. Material y métodos. Se estandarizó el sistema de evaluación con tres aplicaciones del Mini-CEX a lo largo de un año, en los médicos residentes del primer año de medicina interna y especialidades clínicas de la Facultad de Medicina de la Universidad Peruana Cayetano Heredia, Lima, Perú. Se buscó diferencias entre las tres evaluaciones con la prueba Kruskall-Wallis. Se midió el grado de confiabilidad con la prueba alfa de Cronbach y la validez de constructo con análisis factorial. Se capacitó a 20 docentes. Se evaluaron 14 residentes y cada uno tuvo tres evaluaciones. Resultados. Las observaciones duraron 46,5 ± 26,1 min y el feedback 20,1 ± 11,1 min. El análisis factorial mediante la prueba de componentes principales encontró un solo factor. La prueba alfa de Cronbach global fue 0,92. Se observó una mejoría significativa de los residentes en examen físico 6 (5,8-7,0) a 7,5 (6,8-8,0) p = 0,028; juicio clínico 6 (6,0-7,2) a 8 (7,0-8,2) p = 0,021; y, valoración global 7 (6,0-7.6) a 8 (7,0-8,0) p = 0,043. Los niveles de satisfacción del residente y del docente con el método fueron 8/9 y 9/9. Conclusión. La prueba fue bien aceptada por residentes y docentes, tuvo un alto nivel de confiabilidad y validez de constructo por lo que se recomienda su uso en programas de residentado médico.