Introducción: De un 15 al 20% de los casos de tuberculosis (TB) a nivel mundial son pacientes pediátricos. En niños y adolescentes, los factores asociados a una evolución desfavorable de la enfermedad durante el tratamiento han sido poco estudiados. Objetivo: Determinar cuáles son los factores asociados al abandono, muerte y fracaso del tratamiento de TB en niños y adolescentes, del Programa de Control de Tuberculosis (PCTB) del Hospital Cayetano Heredia (HCH) en el periodo 1980-2012. Materiales y métodos: Estudio de cohorte retrospectiva a partir del análisis secundario de la base de datos del proyecto “Evaluación del tratamiento del Programa de Control de Tuberculosis en un hospital de III nivel en Lima - Perú del año 1972 al 2012”. Tras los criterios de selección se obtuvo una población de estudio de 458 pacientes. Resultados: El 95.62% curó, 3.06% abandonó, 0.66% falleció y 0.66% fracasó al tratamiento. El ser de sexo masculino (p=0.041/ RR=2.60/ IC=1.74-9.31) fue un factor de riesgo para abandonar el tratamiento. El ingresar como abandono recuperado fue un factor de riesgo para morir (p=0.014/ RR=54.62/ IC=6.11-487.76). El 81.44% tuvo TB pulmonar, el 17.69% TB extrapulmonar y el 3.06% ambos tipos de TB simultáneamente. Se encontró que el 14.29% de pacientes que tenían ambos tipos de TB abandonaron al tratamiento, siendo mayor este porcentaje al de los pacientes con TB pulmonar (p=0.037/ RR=5.26/ IC=1.27-21.77). Entre niños y adolescentes de 5 a 18 años, el 12.5% de aquellos con desnutrición leve abandonó el tratamiento (p=0.022/ RR=4.65/ IC=1.34-16.06), y el 9.09% de aquellos con desnutrición severa fallecieron (p=0.048/ RR=14.91/ IC=1.45-152.33). Conclusiones: En niños y adolescentes, ser varón y tener simultáneamente TB extrapulmonar y pulmonar fueron factores de riesgo para abandonar el tratamiento en el PCTB del HCH; y el ingresar como abandono recuperado de morir. Entre niños y adolescentes de 5 a 18 años, ingresar al PCTB del HCH con desnutrición leve fue factor de riesgo para abandonar el tratamiento, e ingresar con desnutrición severa de morir.