Antecedentes: La encefalitis toxoplásmica es la infección neurológica focal oportunista más común en pacientes con infección por VIH-SIDA. No existen estudios de cohorte que describan factores de mortalidad asociados a la coinfección por VIH y Toxoplasma gondii en el Perú. Objetivo: Evaluar los factores de riesgo asociados a mortalidad en pacientes hospitalizados por encefalitis toxoplásmica e infección por el VIH-SIDA. Material y método: Se empleó un diseño de estudio tipo cohorte retrospectiva en el que se incluyeron a todos los pacientes mayores de 18 años hospitalizados en el Hospital Cayetano Heredia entre enero de 2010 y diciembre de 2018 con diagnóstico de infección por VIH-SIDA y de encefalitis toxoplásmica. Se obtuvo un tamaño muestral de 84 pacientes con un poder estadístico de 90.56%. Se evaluaron variables epidemiológicas, clínicas y de laboratorio, y se analizaron sus frecuencias y su asociación a mortalidad. Resultados: Se encontró una mortalidad intra hospitalaria de 17.9%. Se encontró asociación significativa con mortalidad en las siguientes variables: recuento bajo de linfocitos séricos (p = 0.05), un puntaje menor a 15 en la escala de Glasgow (p = 0.002) y alteración del sensorio (p = 0.004). Conclusiones: Existe asociación entre mortalidad intra hospitalaria y un recuento bajo de linfocitos séricos, escala de Glasgow menor de 15 y evidencia de alteración del sensorio en pacientes hospitalizados por encefalitis toxoplásmica e infección por el VIH-SIDA.