La leptospirosis es una zoonosis bacteriana endémica en el Perú, cuyo complicado diagnóstico y epidemiología es aún poco explorada. El presente trabajo evalúa la hipótesis de la asociación entre al menos un serovar o especie patógena de Leptospira y su reservorio doméstico, perro o cerdo, perteneciente a los sectores 20 y 21 de Belén, Iquitos. Para lo cual se colectaron 127 muestras de orina de perro, 123 de cerdo y 161 riñones de cerdo en los sectores mencionados. Mediante qPCR lipl32, se reportó una prevalencia de leptospiruria de 15% en perros y 9.8% en cerdos, con concentración de ADN de Leptospira promedio de 4.49 x 102 y 0.29 x 101 copias de genoma/reacción para perros y cerdos respectivamente. Mediante secuenciación del gen rrs (16S) se identificaron las especies L. interrogans, L. noguchii y L. santarosai en orina de perros, y L. interrogans y L. santarosai en orina de cerdos. Se encontró asociación entre al menos una especie de Leptospira y el tipo de reservorio. Además, se estandarizó una técnica de análisis de melting de alta resolución del gen rfbX para la identificación de serovar, la cual se utilizó para reportar por primera vez a L. interrogans serovar Bataviae en orina de perro en Belén.