Neospora caninum es un parásito protozoo que se caracteriza por producir una alta tasa de mortalidad neonatal y abortos en el tercio medio de la gestación causante de importantes pérdidas económicas en la producción bovina lechera, manteniéndose como una de las más importantes en el sector ganadero. En el Perú, se han observado escasas investigaciones relacionadas con la presencia del parásito en fetos abortados. Por ello, el objetivo del estudio fue identificar molecularmente Neospora caninum como agente etiológico presente en fetos abortados de bovinos de establos lecheros mediante la utilización de la técnica de PCR (reacción de la cadena de la polimerasa). Con este propósito se colectaron 40 fetos abortados provenientes de dos establos ubicados en Cañete (n= 21) y Huacho (n=19), también se levantó información epidemiológica de la edad, sexo y procedencia. A la necropsia de cada feto se colectó cerebro, corazón, pulmón, hígado, riñones, timo, bazo, médula espinal, glándula adrenal, intestino delgado con placas de Peyer y se realizó la extracción de ADN de cada tejido. Se identificó la presencia de ADN de N. caninum en el 37.5% (15/40) de las muestras de fetos abortados, siendo el cerebro el principal órgano con N. caninum 100% (15/15). No se observó diferencias significativas en las variables (sexo, edad y procedencia) analizadas en las muestras. Con estos resultados se confirma la presencia de N. caninum en fetos abortados de bovinos en establos de Lima.