Introducción: La malaria es considerada por la Organización Mundial de la Salud como una enfermedad transmitida por vectores que no recibe adecuada atención en poblaciones en situación de pobreza y persiste como un problema de salud pública para el Perú. Debido al elevado número de casos de malaria en el departamento de Loreto, se genera la necesidad de incluir sistemas innovadores para la mejora de flujos de trabajo y de información diagnóstica oportuna. El objetivo de este estudio fue evaluar y comparar los indicadores de uso (eficacia, eficiencia y satisfacción) de un prototipo de aplicativo móvil para registro de casos de Malaria en comparación al sistema de registro actual en una microrred de Iquitos en Loreto. Métodos: El desarrollo de la presente investigación abarcó tres fases: La fase exploratoria, a través de entrevistas, tuvo el objetivo de conocer las necesidades, perspectivas de uso y el contexto del personal de salud, sobre el sistema de reporte actual de Malaria. La segunda fase utilizó la metodología iterativo-incremental para el diseño y creación de un prototipo de aplicación móvil. Por último, la tercera fase consistió en la evaluación del uso del sistema de registro en papel comparado al prototipo final de MalariaScan. Resultados: Al evaluar ambos sistemas de registro se encontró que la eficacia del prototipo fue mayor que la del registro en papel en el registro de pacientes atendidos por demanda y se obtuvo un menor número de errores, 0.56 y 1.86 respectivamente. Además, al utilizar el registro en papel, se registraron en promedio 5.16 errores en la ejecución de las 6 tareas, el cual se redujo a 3.35 con el uso de MalariaScan. Así mismo, el incremento en la eficiencia (disminución de tiempo en la ejecución de una actividad) resultó significativo en todas las tareas utilizando MalariaScan. Por último, las diferencias en satisfacción de los usuarios entre ambos sistemas resultaron no significativas. Conclusiones: Este estudio logró demostrar que MalariaScan, un prototipo de app móvil, diseñada en base a requerimientos de usuarios locales mejora la eficiencia del sistema actual de registro de casos en papel, a través de la reducción del tiempo en la realización de las tareas evaluadas al utilizar MalariaScan. Los resultados obtenidos en esta investigación ayudarán a mejorar el sistema de notificación de la Malaria, un componente clave para la eliminación de esta enfermedad en la Amazonía peruana.