La quinua es una especie nativa del altiplano peruano y boliviano. Variantes nativas de los graneros de la región Ayacucho fueron colectados y sembrados en un campo experimental. Se tomaron muestras de ADN y genotipificaron mediante 13 marcadores codominantes SSR en 88 accesiones (N=88). Se evaluó la diversidad mediante H y se identificaron dos genotipos mediante el análisis exploratorio PCA y un árbol UPGMA. Se evaluó si la pertenencia a una provincia y el nivel de intercomunicación vial en la región afectaban los patrones de reproducción de la especie en la región. Se encontró que el germoplasma analizado es el más diverso de todos aquellos que han sido estudiados mediante marcadores SSR. Los resultados muestran que los alelos se distribuyen independientemente de los patrones políticos. El efecto de estar separado por una red vial incompleta parece influir en la distribución de los genotipos encontrados.