El cultivo de trucha arcoíris Oncorhynchus mykiss es afectado por el patógeno Aeromonas salmonicida, responsable de los brotes de furunculosis, una de las enfermedades más prevalentes en la truchicultura peruana. En el presente estudio se identificó la presencia de genes asociados a la virulencia, cromosomales y plasmídicos, en 34 cepas patogénicas, confirmados bioquímica y molecularmente como A. salmonicida, procedentes de cuatro regiones del Perú: Junín, Cajamarca, Ancash y Puno. De los ocho genes analizados, se detectó la presencia de seis con un patrón muy variado. Las 34 cepas analizados fueron positivos para los genes cromosomales, siendo el gen vapA (94%) el más frecuente, seguido de los genes satA (75%) y ahe2 (65%). Los genes plasmídicos fueron los menos frecuentes (ascV, aopH y aopO con 35%, 29%, 35%, respectivamente). Se encontró 6 perfiles genéticos en relación con la presencia de genes de virulencia, lo cual permite sugerir la plasticidad genómica de este patógeno, aunque otros factores también pudieron haber influenciado en la heterogeneidad de los datos obtenidos. Los perfiles genéticos permitieron establecer el patotipo vapA+, satA+, ahe2+ ascV+, aopH+ y aopO+ que podría estar afectando el cultivo de trucha arcoíris. Los resultados muestran que las cepas de A. salmonicida en la acuicultura peruana presentan locus genéticos que codifican para los principales factores de virulencia: capa A, proteasas, lipasas y el sistema de secreción tipo 3.