En nuestro país, la detección de Anisákidos en productos hidrobiológicos, causadores de graves alergias alimentarias desde niños hasta ancianos, los análisis sensoriales resultan ser no muy efectivos debido a que la visualización de los parásitos en la conserva de pescado es dificultoso, debido a esto es necesario evaluar técnicas moleculares para detección de los Parásitos Anisakidos en conservas del pescado. Para el presente trabajo se elaboraron conservas inoculadas artificialmente con parásitos Anisákidos provenientes de peces de consumo. El ADN genómico total se extrajo a partir del líquido de gobierno de la conserva, escurrido después de la homogenización vigorosa del contenido de la conserva y utilizando el protocolo CTAB modificado. Para la detección se realizó un PCR doble amplificación, que tuvo como blanco una región del gen citocromo c oxidasa subunidad II (COXII) de 629bp de tamaño. En total se evaluaron 48 conservas parasitadas (inoculados), 48 negativos (sin inocular) y 48 inoculados con otros parásitos, determinándose que la sensibilidad diagnóstica de la prueba fue de 100% para las conservas cuyo líquido de gobierno fueron aceite y salsa de tomate comercial y de 93.75% en el caso de las conservas en agua. El protocolo tuvo 100% de especificidad analítica y diagnostica.