El cáncer de tipo ginecológico representa un problema de salud pública y es una de las principales causas de morbilidad y mortalidad que afectan a las mujeres a nivel mundial, en parte debido a la poca disponibilidad de servicios de salud preventiva en países económicamente poco desarrollados. Disciplinas como la genómica y epigenómica han contribuido al conocimiento y a la mejor comprensión de la biología del cáncer. En este estudio se compararon las alteraciones genéticas y epigenéticas de un grupo de reguladores epigenéticos, en mujeres con distintos tipos de cáncer ginecológico. Además, se establecieron asociaciones entre el genotipo y fenotipo con la finalidad de reconocer marcadores pronósticos de los cánceres ginecológicos. Para el procesamiento y análisis secundario de los datos se emplearon programas bioinformáticos y recursos en web. Los resultados mostraron que los reguladores epigenéticos contienen modificaciones a varios niveles incluida la secuencia de ADN, metilación en promotores, expresión génica y funcionalidad proteica. La información contenida en este trabajo se espera que contribuya al reconocimiento de nuevas dianas terapéuticas y marcadores pronósticos de las neoplasias malignas ginecológicas.