Este trabajo tuvo como objetivo general evaluar el efecto de estrategias de control en las métricas de diversidad genética y la reproducción de Plasmodium vivax en las cuencas del Mazán y Napo. Se genotipificaron 92 muestras con al menos 75% con perfil completo (mayor a 10 locis) con 16 marcadores microsatélites. Al inicio de la implementación de las tres estrategias (Mes 0) se encontró, una moderada a alta diferenciación poblacional, con bajo flujo genético (Fst> 1.3). Durante la implementación de las tres estrategias, solo la estrategia 1 produjo una disminución significativa (p-valor < 0.05) de haplotipos genéticamente relacionados. No se observaron cambios significativos (p-valor >0.05) en las métricas genético poblaciones a través del tiempo. Análisis complementarios, mostraron que en Libertad (donde se implementó la estrategia 3) se encontraron infecciones recurrentes y una reducción de casi dos veces más de haplotipos relacionados con respecto al año 2015. No se encontró un efecto reciente cuello de botella en la población parasitaria por cada estrategia. En conclusión, las tres estrategias de control no mostraron cambios en las métricas genético poblaciones, evidenciando la vulnerabilidad al ingreso de haplotipos genéticamente no relacionados.