El pimiento (Capsicum annuum L.), también llamado “páprika”, es originario del continente americano específicamente de la zona de México, Bolivia y Perú. Concretamente en Perú, es uno de los cultivos más importantes para la economía nacional debido a su potencial de exportación. En los últimos años se ha observado un aumento de la contaminación con hongos toxicogénicos en paprika y productos derivados, la cual afecta su calidad y genera un riesgo toxicológico en los consumidores. Las especies de Aspergillus incluidas en la sección Nigri se aíslan frecuentemente en páprika y entre ellas A. niger y A. carbonarius, son las principales especies productoras de ocratoxina A (OTA). Esta toxina presenta propiedades nefrotóxicas, carcinogénicas, teratogénicas e inmunotóxicas en ratas y posiblemente en humanos. Los objetivos del presente trabajo fueron: determinar la micobiota presente en muestras de páprika recolectadas en los departamentos de Lambayeque, Lima, Ica y Arequipa; caracterizar las especies de Aspergillus sección Nigri mediante morfología clásica y el uso de herramientas moleculares; y determinar la incidencia natural de OTA en las muestras de páprika. Los resultados obtenidos mostraron que los géneros fúngicos aislados con mayor frecuencia fueron Aspergillus sp y Penicillium sp. Con respecto a Aspergillus sección Nigri, todas las especies pertenecieron al agregado A. niger y se aislaron con mayor frecuencia en las localidades de Arequipa e Ica. En estas localidades se detectaron los valores más altos de OTA en páprika siendo estos 33.2 ppb y 33.6 ppb, respectivamente.