Análisis bioinformático de la variabilidad genética y epitópica de factores de virulencia de Avibacterium paragallinarum para la clasificación serológica de aislados

Sandoval Ganoza, Gabriel Andrés; Rojas Montero, Alfonso Matías

dc.contributor.advisor	Zimic Peralta, Mirko Juan	es_ES
dc.contributor.author	Rojas Montero, Alfonso Matías	es_ES
dc.contributor.author	Sandoval Ganoza, Gabriel Andrés	es_ES
dc.date.accessioned	2021-05-04T16:47:04Z
dc.date.available	2021-05-04T16:47:04Z
dc.date.issued	2021
dc.identifier.other	205008	es_ES
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/20.500.12866/9322
dc.description.abstract	La coriza infecciosa es una enfermedad del tracto respiratorio de Gallus gallus domesticucs causada por la bacteria Avibacterium paragallinarum (AP), que genera una mortalidad incrementada y una disminución productiva para la industria avícola (1). La prevención de la coriza es dificultosa debido a la diversidad fenotípica de AP, cuyos aislados de campo requieren una identificación larga y costosa (2). Para estudiar la diversidad fenotípica de AP, se han clasificado los aislados de la bacteria en 3 serogrupos que contienen 9 serovariedades, usando un método de inhibición de la hemaglutinación (2). Esta clasificación es altamente demandante e ineficiente para identificar acertadamente todos los aislados (3), lo que es crucial para prevenir los brotes de la enfermedad. Si no se identifica qué serovariedad causa un brote específico, no se puede utilizar la vacuna adecuada, ya que las vacunas tienen una protección específica para cada serovariedad (1, 4). Los esfuerzos previos de serotipificación mediante técnicas moleculares (5, 10-12) y los análisis de la variabilidad genética de las proteínas causantes de la hemaglutinación HagA y HMTp210 (6,7,8) han sido poco exitosos y de baja reproducibilidad. Si bien se ha demostrado la relevancia de HMTp210 (13,14), la investigación reciente se ha enfocado infructuosamente en la secuencia de este único gen (13,15,16). Este enfoque ignora que la serotipificación tradicional se realiza a partir de extractos sonicados de AP (2), por lo que potencialmente podrían interferir otras moléculas inmunorrelevantes como factores de virulencia. Además, los estudios de HMTp210 registrados no contemplan la predicción de las estructuras post-traduccionales que determinan la respuesta inmune, como los epítopes reconocidos por el MHC-II (34). En este trabajo planteamos el análisis genético de los factores de virulencia de AP de 25 genomas para identificar si sus secuencias presentan polimorfismos específicos para cada serovariedad. Además, proponemos la predicción epitópica de 25 secuencias del gen HMTp210 para verificar si existen diferencias los epítopes predichos para cada serovariedad.	es_ES
dc.description.abstract	Infectious coryza is a disease of the respiratory tract of chickens and hens caused by the bacterium Avibacterium paragallinarum (AP), which causes increased mortality and a relevant decrease in production for the poultry industry (1). The pathogen, AP, has wide phenotypic variability that has prevented the finding of a single prevention method. AP isolates can be classified according to their serological characteristics into 9 Kume serotypes, and the vaccines developed have a restricted range of action specific to each serotype, with some exceptions. Classification into the 9 serotypes is done through hemagglutination inhibition assays. These tests evaluate the hemagglutination capacity (adhesion of the pathogen to blood cells) of each isolate in the presence of standardized inhibitors. Identification is crucial because the usual prevention method uses inactivated whole cell vaccines whose cross protection between different serovars is limited (4). HI assays can identify serovars in the vast majority of isolates, but molecular characteristics related to serotype diversity have not yet been precisely identified. Non-gene specific molecular techniques have been developed to genetically typify the reference strains of the 9 Kume serotypes (5). In addition, from the report and characterization of two AP hemagglutinins - HagA (6) and HMTp210 (7,8) - typing analyzes directed at these genes (9) have been developed. However, the results of these methods are not consistent with the Kume serovars (10–12). It is proven that HMTp210 has the greatest contribution to the haemagglutinating effect of AP (13) and is the main antigen inhibited by protective antibodies (14), so recent research has focused on this gene (9,11,13,15,16 ). However, the structural differences in the proteins expressed by this gene between the different serovars have not been analyzed. Furthermore, the antibodies used for Kume serotyping correspond to the entire mixture of antigens present in a sonicated extract of AP (2), but other antigens have not been considered in previous attempts at molecular serotyping. Likewise, it is known that the degree of virulence of AP varies 5 significantly between serovars (17), a change whose correlation between the virulence genes of AP has not yet been sought. We propose to analyze the joint genetic variability of the virulence genes as potential antigens that interact in the HI assays and are likely responsible for the variations in virulence between serovars.	es_ES
dc.format	application/pdf	es_ES
dc.language.iso	spa	es_ES
dc.publisher	Universidad Peruana Cayetano Heredia	es_ES
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess	es_ES
dc.rights.uri	https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/	es_ES
dc.subject	Coriza	es_ES
dc.subject	Factores de Virulencia	es_ES
dc.subject	Serotipos	es_ES
dc.subject	Genomas	es_ES
dc.subject	Serotipificación	es_ES
dc.subject	Avibacterium	es_ES
dc.title	Análisis bioinformático de la variabilidad genética y epitópica de factores de virulencia de Avibacterium paragallinarum para la clasificación serológica de aislados	es_ES
dc.type	info:eu-repo/semantics/bachelorThesis	es_ES
thesis.degree.name	Bachiller en Ciencias con mención en Biología	es_ES
thesis.degree.grantor	Universidad Peruana Cayetano Heredia. Facultad de Ciencias y Filosofía Alberto Cazorla Talleri	es_ES
thesis.degree.discipline	Biología	es_ES
dc.publisher.country	PE	es_ES
dc.subject.ocde	https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.02.03	es_ES
dc.subject.ocde	https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.01	es_ES
dc.subject.ocde	https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#1.06.07	es_ES
renati.author.dni	75350610
renati.author.dni	76416724
renati.advisor.orcid	https://orcid.org/0000-0002-7203-8847	es_ES
renati.advisor.dni	07620624
renati.type	https://purl.org/pe-repo/renati/type#trabajoDeInvestigacion	es_ES
renati.level	https://purl.org/pe-repo/renati/nivel#bachiller	es_ES
renati.discipline	511206	es_ES
renati.juror	Arévalo Zelada, Jorge Luis	es_ES
renati.juror	Tsukayama Cisneros, Pablo	es_ES