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Uso de genomas de SARS-CoV-2 para la estimación del número reproductivo efectivo (Rt) en Perú durante marzo y abril del 2020

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dc.contributor.author Romero, Pedro E.
dc.contributor.author Sánchez-Yupari, Milagros
dc.contributor.author Montero, Stephanie
dc.contributor.author Tsukayama Cisneros, Pablo
dc.date.accessioned 2021-10-04T23:01:03Z
dc.date.available 2021-10-04T23:01:03Z
dc.date.issued 2021
dc.identifier.uri https://hdl.handle.net/20.500.12866/9932
dc.description.abstract The understanding of COVID-19, caused by the SARS-CoV-2, is essential to improve evidence-based public health policies. The effective reproductive number (Rt) in Peru was estimated using information from 113 complete genomes sequenced by the Instituto Nacional de Salud del Peru (INS), available in the GISAID public database. The Rt trend during March and April of 2020 was found to be similar to results from other epidemiological reports. The Rt decreased during the first two weeks of March. Its lowest value was reported during the week after the quarantine began. The Rt increased moderately after the second week of April. The implication of early decisions taken to mitigate the transmission are discussed. Genomic surveillance will be necessary to understand the transmission and evolution of SARS-CoV-2 in Peru, and will complement the epidemiological information. en_US
dc.description.abstract La comprensión de la enfermedad por coronavirus (COVID-19) provocada por el coronavirus de tipo 2 (SARS-CoV-2) causante de síndrome respiratorio agudo severo, utilizando un enfoque multidisciplinario, es esencial para mejorar la toma de decisiones basadas en evidencia. Se estimó el número reproductivo efectivo (Rt) en Perú a partir de 113 genomas completos generados por el Instituto Nacional de Salud (INS) del Perú almacenados en la base de datos pública GISAID. La tendencia mostrada por el Rt durante marzo y abril del 2020 fue similar a otras estimaciones epidemiológicas. El Rt disminuyó considerablemente durante la primera quincena de marzo, alcanzando su menor valor la semana posterior al inicio de la cuarentena, pero aumentó moderadamente desde la quincena de abril. Se discute las implicancias de las medidas tempranas tomadas para mitigar la transmisión. La vigilancia genómica será una herramienta necesaria para conocer la transmisión y evolución del virus, complementando la información epidemiológica es_PE
dc.description.sponsorship Este trabajo fue financiado por FONDECYT - Perú en el marco del “Proyecto de Mejoramiento y Ampliación de los Servicios del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación Tecnológica” [número de contrato 34-2019] y por el CONCYTEC-FONDECYT en el marco del concurso «Proyectos Especiales: Respuesta al COVID-19 2020-01» [número de contrato 046-2020-FONDECYT]. es_PE
dc.language.iso spa
dc.language.iso eng
dc.publisher Instituto Nacional de Salud
dc.relation.ispartofseries Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública
dc.rights info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.es
dc.subject Bayesian Analysis en_US
dc.subject Nucleotide Databases en_US
dc.subject COVID-19 en_US
dc.subject Molecular Epidemiology en_US
dc.subject Phylogenomics en_US
dc.subject Genomics en_US
dc.subject Epidemiological Models en_US
dc.subject Peru en_US
dc.subject SARS-CoV-2 en_US
dc.subject Surveillance en_US
dc.subject Análisis Bayesiano es_PE
dc.subject Bases de Datos de Ácidos Nucleicos es_PE
dc.subject COVID-19 es_PE
dc.subject Epidemiología Molecular es_PE
dc.subject Filogenómica es_PE
dc.subject Genómica es_PE
dc.subject Modelos Epidemiológicos es_PE
dc.subject Perú es_PE
dc.subject SARS-CoV-2 es_PE
dc.subject Vigilancia es_PE
dc.title Uso de genomas de SARS-CoV-2 para la estimación del número reproductivo efectivo (Rt) en Perú durante marzo y abril del 2020 es_PE
dc.title.alternative Using SARS-CoV-2 genomic information to estimate the effective reproductive number (Rt) in Peru during March - April 2020. en_US
dc.type info:eu-repo/semantics/article
dc.identifier.doi https://doi.org/10.17843/rpmesp.2021.382.6417
dc.subject.ocde https://purl.org/pe-repo/ocde/ford#3.03.05
dc.relation.issn 1726-4642


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info:eu-repo/semantics/restrictedAccess Except where otherwise noted, this item's license is described as info:eu-repo/semantics/restrictedAccess

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