Universidad Peruana Cayetano Heredia

Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2

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dc.contributor.author Escalante-Maldonado, O.
dc.contributor.author Vidal-Anzardo, M.
dc.contributor.author Donaires, F.
dc.contributor.author Solis-Sanchez, G.
dc.contributor.author Gallesi, I.
dc.contributor.author Pampa-Espinoza, L.
dc.contributor.author Huaringa, M.
dc.contributor.author Rojas-Serrano, N.
dc.contributor.author García Apac, Coralith Marlinda
dc.contributor.author Angles-Yanqui, E.
dc.contributor.author Gavilán, R.G.
dc.contributor.author Durães-Carvalho, R.
dc.contributor.author Mendez-Rico, J.
dc.contributor.author Cabezas, C.
dc.contributor.author Marques-Simas, P.V.
dc.date.accessioned 2021-10-04T23:01:02Z
dc.date.available 2021-10-04T23:01:02Z
dc.date.issued 2021
dc.identifier.uri https://hdl.handle.net/20.500.12866/9930
dc.description.abstract OBJECTIVES: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. MATERIALS AND METHODS: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. RESULTS: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). CONCLUSIONS: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR en_US
dc.description.abstract OBJETIVOS: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. MATERIALES Y MÉTODOS: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. RESULTADOS: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). CONCLUSIONES: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR es_PE
dc.language.iso eng
dc.language.iso spa
dc.publisher Instituto Nacional de Salud
dc.relation.ispartofseries Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública
dc.rights info:eu-repo/semantics/restrictedAccess
dc.rights.uri https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.es
dc.subject animal en_US
dc.subject Animals en_US
dc.subject Chlorocebus aethiops en_US
dc.subject COVID-19 en_US
dc.subject human en_US
dc.subject Humans en_US
dc.subject molecular diagnosis en_US
dc.subject Molecular Diagnostic Techniques en_US
dc.subject nucleic acid amplification en_US
dc.subject Nucleic Acid Amplification Techniques en_US
dc.subject Reference Standards en_US
dc.subject RNA en_US
dc.subject Viral en_US
dc.subject SARS-CoV-2 en_US
dc.subject sensitivity and specificity en_US
dc.subject Sensitivity and Specificity en_US
dc.subject standard en_US
dc.subject Vero cell line en_US
dc.subject Vero Cells en_US
dc.subject virus RNA en_US
dc.title Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2 es_PE
dc.title.alternative Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2 en_US
dc.type info:eu-repo/semantics/article
dc.identifier.doi https://doi.org/10.17843/rpmesp.2021.381.7154
dc.relation.issn 1726-4642


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