Introducción: En la Amazonía Peruana, la transmisión de la malaria por Plasmodium vivax se mantiene debido a que 1) las recurrencias en esta región son extremadamente comunes; contribuyendo al incremento de los casos submicroscópicos y 2) porque estas infecciones no son detectadas por el Ministerio de Salud, perpetuando así el ciclo de transmisión silente. En este contexto, entender las características y duración de estas infecciones recurrentes submicroscópicas nos permitiría comprender su impacto en la persistencia de la malaria. Métodos: Se realizó un análisis retrospectivo de datos clínicos y epidemiológicos mensuales de dos comunidades de Loreto (Cahuide y Lupuna) desde el año 2013 al 2015. Los participantes proporcionaron muestras de sangre para el diagnóstico de la malaria a través de microscopía y PCR (método molecular). Para determinar la probabilidad de permanecer libre de recurrencias se realizó análisis de supervivencia Kaplan-Meier. Asimismo, se buscó la asociación de factores sociodemográficos con el tiempo de detección a través de análisis de regresión de Cox. Resultados: Durante los tres años de seguimiento, cerca del 57% (195/343) de los individuos presentó al menos una recurrencia detectada por PCR, mientras que a través de microscopía este número se reduce al 42% (143/343). Alrededor del 30% (93/343) de los participantes lo presentó en los tres primeros meses luego de una infección microscópica. La probabilidad de permanecer libre de recurrencias, luego de 6 meses después de una infección, fue 66% por microscopia, y de 62.6% por PCR. A su vez, el tiempo de detección se encontró asociado a factores como comunidad, edad, número de episodios de malaria en su vida y tipo de mosquiteros utilizados. Conclusión: Esta información es relevante para que el actual programa “Plan Malaria Cero” del Ministerio de Salud pueda diseñar mejores estrategias enfocando sus recursos en la búsqueda activa de infecciones submicroscópicas de malaria.