La presencia de infecciones submicroscópicas de larga duración con gametocitos concurrentes puede ser un obstáculo para la eliminación de la malaria en la Amazonía Peruana. Este estudio investigó la epidemiología de los gametocitos en relación con todas las infecciones por Plasmodium vivax y la contribución de las infecciones submicroscópicas persistentes al reservorio de gametocitos. También, evaluó los factores pronóstico asociados con el desarrollo de persistencia de infección en individuos con diagnóstico de infección submicroscópica. Se detectó la presencia de gametocitos por PCR cuantitativo de transcripción reversa (RT-qPCR) en 572 infecciones causadas por P. vivax reportados por un estudio tipo cohorte entre Junio - Julio del 2015, que llevó a cabo 4 barridos de Detección Activa de Caso (DAC), cada 10 días en 4 comunidades ribereños del distrito de Mazán, departamento de Loreto. Se encontraron gametocitos en 42.5% (n=243/572, rango por barrido 31.6%-58.8%) de las infecciones por P. vivax. El 52.7% de todas las infecciones con gametocitos fueron submicroscópicas y asintomáticas. La mayor proporción de infecciones con gametocitos se encontró en mayores a 5 años de edad y la mayor densidad de gametocitos fue en niños menores de 14 años de edad. En Mazán, el 67.8% (n=40/59) de las infecciones submicroscópicas que presentaron gametocitos fueron infecciones persistentes. La presencia de gametocitos en una infección submicroscópica resultó ser un factor pronóstico de al menos 10 días más de infección submicroscópica persistente por P. vivax en el análisis multivariado (Odds Ratio: 3.23 [intervalo de confianza del 95%: 1.57; 6.67]; p<0,001). Esto sugiere que el diagnóstico de gametocitos podría ayudar a identificar aquellas poblaciones susceptibles a desarrollar persistencia submicroscópica por P. vivax con el potencial de mantener la transmisión en la Amazonía Peruana, lo que ayudaría a focalizar las estrategias de control y eliminación de la malaria.