La nutria marina, Lontra felina, es un carnívoro generalista con diferencias en la dieta a lo largo de su distribución en las costas del Pacífico sudeste, pues las poblaciones del norte (Perú) son principalmente piscívoras, mientras que las del sur (Chile), durófagas (e.g. crustáceos). Diferencias alimenticias existen entre especies vivientes de nutrias y han sido asociadas a disparidad en las proporciones del cráneo y la mandíbula. Dado que L. felina no ha sido incluida en análisis cuantitativos, se desconoce si su anatomía corresponde con alguno de los ecomorfotipos establecidos para las nutrias –piscívoro o durófago– y si éste presenta variaciones geográficas o sexuales. El objetivo de este estudio fue establecer el ecomorfotipo de alimentación de Lontra felina en un contexto filogenético e investigar su variación morfológica intraespecífica. Utilizando morfometría geométrica, se cuantificó la morfología craneal y mandibular de especímenes de Lontra felina de Perú y Chile y otras 15 especies de mustélidos. La comparación interespecífica se realizó mediante análisis de componentes principales con mapeo filogenético. Las variaciones intraespecíficas se evaluaron usando análisis discriminantes y pruebas de t. Los análisis demostraron que la nutria marina presenta un ecomorfotipo alimenticio mixto, con características tanto del piscívoro (cráneos más alargados, planos y estrechos y mandíbulas más alargadas) como del durófago (cráneos más cortos, convexos y anchos y mandíbulas más cortas). Los análisis intraespecíficos indicaron la ausencia de dimorfismo sexual (p>0.05), pero revelaron diferencias geográficas en la forma (p<0.01) asociadas a la variación latitudinal en la dieta. Así, las poblaciones de Perú exhibieron cráneos más alargados y estrechos, propios del ecomorfotipo piscívoro, y, las de Chile, cráneos más cortos y anchos, típicos del ecomorfotipo durófago. Considerando las diferencias genéticas previamente reportadas, nuestros resultados sugieren un proceso de especiación alopátrica en marcha conducido por la dieta y que es de relevancia para su conservación.