El uso extendido y poco regulado del uso de antibióticos en la producción animal en países en vías de desarrollo está asociado con la emergencia y diseminación de genes de resistencia antibiótica (ARG) en la producción animal. Se recolectaron aislados de Escherichia coli de pollos y humanos con diferentes niveles de exposición en una comunidad de bajos ingresos en las afueras del sur de Lima, Perú. Se tomaron hisopados cloacales de pollos criados de forma convencional (n = 41) y orgánicos (n = 20), así como de heces de vendedores de pollos del mercado (n = 23), adultos no vendedores (n = 48) y bebés (n = 60). Se identificaron 315 aislados de E. coli de humanos (n = 150) y pollos (n = 165), y los pollos mostraron las tasas más altas de multidrogo resistencia (63%, 104/165) y producción de betalactamasas de espectro extendido (BLEE) (30.9%, 51/165). Los aislados de pollos criados de forma convencional fueron los más resistentes a la mayoría de los antibióticos probados, mientras que los aislados de pollos orgánicos fueron los más susceptibles. El secuenciamiento de 118 genomas identificó filogrupos compartidos entre poblaciones humanas y animales, y más de 600 ARG en todos los genomas. La resistencia al florfenicol (un antibiótico comúnmente utilizado como promotor del crecimiento en aves, pero no aprobado para uso humano) fue mayor en los vendedores de pollos en comparación con otros grupos humanos. Los aislados de pollos criados de forma convencional contenían genes que confieren resistencia a antibióticos clínicamente relevantes, incluido mcr-1 para la resistencia a la colistina, blaCTX-M para producción de BLEE y blaKPC-3 para carbapenemasas. Nuestros hallazgos sugieren que los aislados de E. coli de pollos de mercado son una fuente potencial de ARG que se pueden transmitir a poblaciones humanas.