La costa peruana alberga dos especies hermanas del género Argopecten (Monterosato, 1889): A. ventricosus (Sowerby II, 1842) y A. purpuratus (Lamarck, 1819). A. ventricosus se distribuye desde las costas de Baja California (Mexico) a Piura (Perú), mientras que A. purpuratus habita desde Piura hasta Antofagasta (Chile). Datos moleculares soportan el origen del género Argopecten hace 50 millones de años (ma). Asimismo, la evidencia fósil sugiere el origen de las dos especies mencionadas en el Mioceno tardio hace 6-8 ma. Sin embargo, aún no se ha corroborado este tiempo de divergencia desde una perspectiva molecular. Por ello, nuestro objetivo fue reconstruir la filogenia y los tiempos de divergencia entre estas especies utilizando inferencia bayesiana. Para ello, utilizamos las secuencias codificantes de 20 mitogenomas del clado Pectinidae y, como grupo externo, 3 mitogenomas del clado Arcidae, y 3, del clado Ostreidae. Como puntos de calibración para la estimación de los tiempos de divergencia, empleamos el origen de los Pectinidae hace 250 ma, y el origen del género Argopecten (50 ma). Estimamos un tiempo de divergencia entre A. purpuratus y A. ventricosus de aproximadamente 14 ma (HDP 35.33 a 2.33 ma), sugiriendo que la fecha de divergencia es algo más antigua de lo propuesto por el registro fósil (6-8 ma). La divergencia podría estar relacionada con la transición climática del Mioceno medio (14.2 - 13.9 ma) y la respuesta de los ecosistemas marino-costeros a un posible fortalecimiento del sistema de corrientes de Humboldt frente a la costa sureste del Océano Pacífico. Futuras investigaciones que integren datos fósiles y el análisis de secuencias genéticas de organismos actuales y extintos, es necesaria para determinar con precisión en la estimación de los tiempos de divergencia.