Introducción El diagnóstico de la tuberculosis genitourinaria (TBGU) es difícil por las manifestaciones clínicas no específicas y los problemas con las pruebas convencionales. El retraso en el diagnóstico tiene un impacto severo en las vías urinarias. A pesar de que las pruebas de ácidos nucleicos dan resultados rápidos, hay una falta de consensos con respecto a su uso. Por lo tanto, nuestro objetivo es determinar el rendimiento de estas pruebas en el diagnóstico de la TBGU y evaluar la heterogeneidad entre los estudios. Métodos Se realizó una revisión sistemática y metanálisis de los artículos de que comparen el rendimiento de una referencia estándar y una PAAN para el diagnóstico de TBUG. Se buscaron artículos publicados entre el 1 de enero de 1990 y el 14 de abril del 2016 en Medline, EMBASE, Web of Science, LILACS, Cochrane Library y Scopus. Se excluyeron los estudios de tipo caso-control por su alto riesgo de sesgo. Dos investigadores identificaron los artículos elegibles y extrajeron la data independientemente. Se analizó la data en grupos con el mismo test índice. Luego, se generaron medidas de resumen para cada grupo, a través de un metanálisis de efectos aleatorios. Se calculó la sensibilidad y especificidad resumen con un intervalo de confianza (IC) al 95% cuando los estudios no eran heterogéneos. El protocolo fue registrado en la base de datos PROSPERO con el numero CRD42016039020 Resultados Se identificaron once estudios relevantes de diez artículos, que dieron información sobre las pruebas de PCR, LCR y Xpert MTB/RIF. Todos los estudios con PCR fueron “pruebas hechas en casa”. Estos utilizaron diferentes primers genéticos y además tenían problemas de calidad, por lo que no procedimos con el metanálisis. Solo un estudio uso LCR. Los estudios Xpert fueron de buena calidad y no heterogéneos, con una sensibilidad resumen de 0.87 (0•66-0•96) y especificidad de 0•91 (0•84-0•95). Discusión Los estudios de PCR fueron altamente heterogéneos. En los estudios que usaron Xpert MTB/RIF, la especificidad fue favorable, con intervalos de confianza aceptables. Futuros estudios pueden actualizar el metanálisis y obtener estimados más precisos. En la práctica clínica son útiles los resultados positivos de Xpert MTB/RIF para iniciar el tratamiento hasta esperar el resultado del cultivo. Se requiere estudios con mayor calidad con urgencia para mejorar el diagnóstico de tuberculosis urogenital.