La diversidad genética en parásitos está orientada hacia el esclarecimiento de la epidemiología y transmisión de las enfermedades. Muchos aspectos de la variación genética de Taenia solium se mantienen aún desconocidos. El estudio de la variación genética de este parásito permitiría comprender las diferencias observadas en la infectividad, patogenicidad y respuesta al tratamiento contra la neurocisticercosis. El polimorfismo de los loci microsatélites es un método utilizado ampliamente para el análisis de la estructura genética poblacional. Los marcadores microsatélites se encuentran distribuidos en las regiones codificantes y no codificantes de muchas especies, con una variación suficiente para poder diferenciar distintas cepas. El presente trabajo presenta por primera vez una investigación usando marcadores microsatélites para el análisis de la diversidad genética y estructura poblacional presente en parásitos T.solium provenientes de distintas regiones geográficas del Perú.,Las muestras de T.solium fueron obtenidas de siete provincias endémicas distribuidas por todo el Perú: Cajamarca, Cusco, Ayacucho, Ancash, Piura, Tumbes y Puno. El ADN de 156 Taenias fue evaluado con 30 marcadores microsatélites recientemente identificados y caracterizados, y un conjunto de 7 loci fue seleccionado basado en su polimorfismo para su análisis en toda la población. Nuestros resultados muestran que la mayor fuente de variación se encuentra dentro de las subpoblaciones, siendo la provincia de Puno la que presenta mayor diversidad genética. Además, se observó un alto grado de consanguinidad con una baja heterocigosidad observada para cada subpoblación. Interesantemente, la agrupación de los genotipos mostró una fuerte correlación con la distribución geográfica de las muestras del parásito. Todas las muestras del norte mostraron una baja diferenciación genética entre ellas pero un alto grado de diferenciación genética con respecto a las muestras del sur. Estos resultados refuerzan la idoneidad de los microsatélites para los estudios de genética de poblaciones de T.solium y sugieren que podrían haber varios genotipos distintos de T.solium circulando en nuestro país.