El presente trabajo tiene como objetivo la identificación y caracterización de marcadores genéticos microsatelites y polimorfismos de nucleótido simple (SNP) y evaluar su posible rol en el fenotipo Suri y Huacaya de alpacas (Vicugna pacos) de los departamentos de: Puno, Cuzco, Huancavelica, Junin, Apurimac y Arequipa. Se determinaron 6 loci microsatélites: MNA0295, MNA0218, MNA0366, MNA0388, MNA0351 y MNA0394 y para 3 SNPs: A57G, A227G y A458G de un fragmento del extremo 3`terminal (3`UTR) del gen de Tricohialina. Los marcadores microsatélites mostraron ser altamente informativos (PIC > 0.7; A > 6; Ho > 0.586, He > 0.691; PEacumulada = 0.9942). Los 3 SNP fueron identificados en un fragmento de 465bp perteneciente a la región 3´UTR del gen de Tricohialina. Los marcadores SNPs A57G y A458G son altamente informativos (PIC=0.374, Ho > 0.351, He,=0.5) y se encuentran en desequilibrio de ligamiento genotípico (p = 0). Mientras que el marcador SNP A227G es poco informativo (PIC=0.077, Ho =0.083, He,=0.081) y su alelo de menor frecuencia se encuentra presente departamentos de Huancavelica y Arequipa. Análisis de asociación entre los marcadores SNP y los fenotipos Suri y Huacaya no mostraron diferencias significativas para genotipos (p>0.5), haplotipos (p>0.5), ni en los análisis de multiples componentes. En conclusión estos resultados sugieren que los SNP identificados del gen de Tricohialina no se encuentran relacionados a los fenotipos Suri y Huacaya.